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万見
- PDB-4b2a: Structure of the factor Xa-like trypsin variant triple-Ala (TGA) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2a
タイトルStructure of the factor Xa-like trypsin variant triple-Ala (TGA) in complex with eglin C
要素
  • CATIONIC TRYPSIN
  • EGLIN C
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Eglin C
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
HIRUDO MEDICINALIS (医用ビル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Menzel, A. / Neumann, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Thermodynamic signatures in macromolecular interactions involving conformational flexibility.
著者: Menzel, A. / Neumann, P. / Schwieger, C. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32014年7月23日Group: Database references
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATIONIC TRYPSIN
B: EGLIN C
C: CATIONIC TRYPSIN
D: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,55810
ポリマ－62,1404
非ポリマー4196
水2,414134
1
A: CATIONIC TRYPSIN
B: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3566
ポリマ－31,0702
非ポリマー2864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: CATIONIC TRYPSIN
D: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2024
ポリマ－31,0702
非ポリマー1322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.800, 35.110, 105.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.931406, -0.113444, 0.345851), (0.08973, -0.992428, -0.083881), (0.352748, -0.047094, 0.934533)-10.03978, 3.94177, 42.86353
3given(-0.935727, -0.075585, 0.344533), (0.051349, -0.995555, -0.078948), (0.348969, -0.056182, 0.935449)-9.83567, 3.9084, 42.78361

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 CATIONIC TRYPSIN / BETA-TRYPSIN / ALPHA-TRYPSIN CHAIN 1 / ALPHA-TRYPSIN CHAIN 2


分子量: 23388.371 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 EGLIN C


分子量: 7681.588 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 5-70 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HIRUDO MEDICINALIS (医用ビル) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01051

-
非ポリマー , 4種, 140分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 % / 解説: NONE
結晶化温度: 283 K
詳細: 18% (W/V) PEG 10,000, 20% (V/V) GLYCEROL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 100 MM NACL AT 283 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 44709 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.89→2.01 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1V2L, 1ACB

1v2l

1acb


解像度: 1.89→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.734 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25898 1152 2.6 %RANDOM
Rwork0.2031 ---
obs0.2045 43498 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å21.7 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 24 134 4518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.024488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8991.9476099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0995574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12724.831178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56115704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7561512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 339 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 2.12 Å / Weight position: 1.5

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2C
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 85 -
Rwork0.333 2646 -
obs--85.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62780.0075-0.51671.5142-1.23922.19-0.0086-0.2033-0.0588-0.0353-0.1481-0.27560.02940.19130.15680.0861-0.0013-0.02720.03610.0160.1167-21.622314.9852-4.9804
23.429-0.0389-1.64920.76540.40233.92870.0760.3629-0.01120.0119-0.06210.1471-0.0198-0.3038-0.01380.1448-0.0151-0.0140.05380.01180.1137-5.164-7.4817-49.6342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 245
2X-RAY DIFFRACTION1B5 - 70
3X-RAY DIFFRACTION2C16 - 245
4X-RAY DIFFRACTION2D5 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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