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- PDB-2j9n: Robotically harvested Trypsin complexed with Benzamidine containi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j9n
タイトルRobotically harvested Trypsin complexed with Benzamidine containing polypeptide mediated crystal contacts
要素
  • (UNKNOWN PEPTIDE) x 2
  • CATIONIC TRYPSIN
キーワードHYDROLASE / ROBOTIC HARVEST / INTERMOLECULAR CONTACTS / TRYPSIN / CALCIUM / ZYMOGEN / PROTEASE / DIGESTION / SALMON PROTAMINE PEPTIDES / BENZAMIDINE / METAL-BINDING / SERINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / virion component / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / PHENOL / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Viola, R. / Carman, P. / Walsh, J. / Miller, E. / Benning, M. / Frankel, D. / McPherson, A. / Cudney, R. / Rupp, B.
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2007
タイトル: Operator Assisted Harvesting of Protein Crystals Using a Universal Micromanipulation Robot.
著者: Viola, R. / Carman, P. / Walsh, J. / Miller, E. / Benning, M. / Frankel, D. / McPherson, A. / Cudney, R. / Rupp, B.
履歴
登録2006年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22016年12月28日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATIONIC TRYPSIN
B: UNKNOWN PEPTIDE
C: UNKNOWN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2137
ポリマ－24,9353
非ポリマー2774
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.924, 56.695, 66.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ENTRY ALSO CONTAINS TWO SHORT PEPTIDE CHAINS OF UNKNOWN SEQUENCE. THE TRYPSIN MOLECULE IS MONOMERICIN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CATIONIC TRYPSIN


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-243 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 組織: SMOOTH / 参照: UniProt: P00760, trypsin

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質・ペプチド UNKNOWN PEPTIDE


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド UNKNOWN PEPTIDE


分子量: 316.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 5種, 212分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#7: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: STOCK: 60 MG BOVINE TRYPSIN (SIGMA) PLUS 5 MG BENZAMIDINE (SIGMA) IN 1 ML OF HEPES BUFFER 0.1M PH 7.0 AND 3 MM CACL2. COCKTAIL: 15% PEG 3350 IN 0.1 M HEPES PH 7.0 ALSO CONTAINING 10 MG/ML ...詳細: STOCK: 60 MG BOVINE TRYPSIN (SIGMA) PLUS 5 MG BENZAMIDINE (SIGMA) IN 1 ML OF HEPES BUFFER 0.1M PH 7.0 AND 3 MM CACL2. COCKTAIL: 15% PEG 3350 IN 0.1 M HEPES PH 7.0 ALSO CONTAINING 10 MG/ML SALMON SPERM PROTAMINE (SIGMA) DROP: 2 UL STOCK PLUS 2 UL COCKTAIL IN CRYSCHEM PLATES AT 22 DEG C.

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25.09 Å / Num. obs: 31641 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.46 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.37
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BRUKERデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHAKEANDWARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y5B

1y5b


解像度: 1.5→25.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.134 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WARNING: THE PEPTIDES B AND C MEDIATING INTERMOLECULAR CONTACTS BETWEEN 3 TRYPSIN MONOMERS HAVE BEEN ASSIGNED RESIDUE TYPE UNK. THEY HAVE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WARNING: THE PEPTIDES B AND C MEDIATING INTERMOLECULAR CONTACTS BETWEEN 3 TRYPSIN MONOMERS HAVE BEEN ASSIGNED RESIDUE TYPE UNK. THEY HAVE HIGH B-FACTORS AND ARE INTENDED AS PLACE HOLDERS FOR WHAT WE BELIEVE IS A MIXTURE OF BASIC PROTAMINE PEPTIDES, POLYAMINES, AND OTHER COMPOUNDS FROM THE SALMON PROTAMINE EXTRACT, PROBABLY IN MULTIPLE CONFORMATIONS. SIMILAR CAVEATS APPLY TO THE PHENOL ENTITIES WE BELIEVE ORIGINATE FROM IMPURITIES IN THE PROTAMINE EXTRACT USED AS A CRYSTALLIZATION ADDITIVE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 1664 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.155 31363 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 18 208 1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9642451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8923.0082963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4665244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.00225.93259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83315292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.038152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.73951192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69171903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4519646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.88611545
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.281 130
Rwork0.199 2245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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