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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ab8 | ||||||
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タイトル | Fragments bound to bovine trypsin for the SAMPL challenge | ||||||
要素 | CATIONIC TRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / FRAGMENT SCREENING / MODELLING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, J. / Peat, T.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2012 タイトル: The Dingo Dataset: A Comprehensive Set of Data for the Sampl Challenge. 著者: Newman, J. / Dolezal, O. / Fazio, V. / Caradoc-Davies, T. / Peat, T.S. #1: ジャーナル: J.Biomol.Screen / 年: 2009 タイトル: Practical Aspects of the Sampl Challenge: Providing an Extensive Experimental Data Set for the Modeling Community. 著者: Newman, J. / Fazio, V.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Branson, K. / Peat, T.S. #2: ジャーナル: Aust.J.Chem. / 年: 2013 タイトル: Fragment Screening for the Modelling Community: Spr, Itc, and Crystallography 著者: Dolezal, O. / Doughty, L. / Hattarki, M.K. / Fazio, V.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Newman, J. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ab8.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ab8.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ab8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ab8_validation.pdf.gz | 467 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ab8_full_validation.pdf.gz | 471.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ab8_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ab8_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4ab8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4ab8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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-非ポリマー , 5種, 166分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-VXU / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | VXU: FRAGMENT CC00413 FROM MAYBRIDGE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1000 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.1 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.8 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.18 M AMMONIUM SULFATE, 0.12 M SODIUM THIOCYANATE, 0.09 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.01 M TRIS PH 8.5 (FINAL MEASURED PH=5.82). THE PROTEIN WAS AT 2 MM (47 MG/ML), WITH 4 MM ...詳細: 22.5% PEG 3350, 0.18 M AMMONIUM SULFATE, 0.12 M SODIUM THIOCYANATE, 0.09 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.01 M TRIS PH 8.5 (FINAL MEASURED PH=5.82). THE PROTEIN WAS AT 2 MM (47 MG/ML), WITH 4 MM BENZYLAMINE AND 10 MM CALCIUM CHLORIDE ADDED TO STABILIZE IT. THE CRYSTALLIZATIONS WERE SET UP WITH A PHOENITO PROTOCOL (NEWMAN ET AL. 2008), WHERE A PHOENIX ROBOT (ART ROBBINS INSTRUMENTS, SUNNYSIDE, CA) WAS USED TO DISPENSE THE PROTEIN INTO AN SD2 CRYSTALLIZATION PLATE (PRE-FILLED WITH 50 ML RESERVOIR SOLUTION) AND A MOSQUITO ROBOT (TTP LABTECH, MELBOURN, UK) WAS USED TO DISPENSE THE RESERVOIR SOLUTION AND SEED STOCK OVER THE PROTEIN DROPLET. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95369 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→52.7 Å / Num. obs: 24461 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K1M 解像度: 1.6→47.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.636 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.709 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.05 Å
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拘束条件 |
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