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- PDB-4abi: Co-complex structure of bovine trypsin with a modified Bowman-Bir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4abi
タイトルCo-complex structure of bovine trypsin with a modified Bowman-Birk inhibitor (PtA)SFTI-1(1,14), that was 1,4-disubstituted with a 1,2,3- trizol to mimic a trans amide bond
要素
  • CATIONIC TRYPSIN
  • PTA-SFTI INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / AMIDE MIMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTA-SFTI INHIBITOR / DIMETHYLFORMAMIDE / Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schmelz, S. / Empting, M. / Tischler, M. / Nasu, D. / Heinz, D. / Kolmar, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Braces for the Peptide Backbone: Insights Into Structure-Activity Relation-Ships of Protease Inhibitor Mimics with Locked Amide Conformations
著者: Tischler, M. / Nasu, D. / Empting, M. / Schmelz, S. / Heinz, D. / Rottmann, P. / Kolmar, H. / Buntkowsky, G. / Tietze, D. / Avrutina, O.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Other
改定 1.22012年5月16日Group: Other
改定 1.32012年11月14日Group: Database references
改定 1.42012年11月30日Group: Other
改定 1.52017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATIONIC TRYPSIN
B: PTA-SFTI INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,95415
ポリマ－24,8582
非ポリマー1,09613
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-34.6 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.100, 63.200, 69.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CATIONIC TRYPSIN / BETA-TRYPSIN / ALPHA-TRYPSIN CHAIN 1 / ALPHA-TRYPSIN CHAIN 2


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH TRYPSIN FROM BOVINE PANCREAS T1426 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド PTA-SFTI INHIBITOR


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1533.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: UniProt: Q4GWU5, PTA-SFTI INHIBITOR

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非ポリマー , 5種, 263分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PRO47-PRO48 IN THE NATIVE SEQUENCE HAS BEEN CHEMICALLY MODIFIED TO PLF TO MIMIC A TRANS AMIDE BOND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.85 M (NH4)2SO4,50 MM TRIS PH 8.5 WITH 60 MG/ML TRYPSIN (SIGMA T1246) IN 0.3 M (NH4)2SO4, 6 MM CACL2, 0.1 M TRIS PH 8.15, 60 MM BENZAMIDINE. TO 10 UL PROTEIN SOL 0.5 UL DIMETHYLFORMAMID WAS ...詳細: 1.85 M (NH4)2SO4,50 MM TRIS PH 8.5 WITH 60 MG/ML TRYPSIN (SIGMA T1246) IN 0.3 M (NH4)2SO4, 6 MM CACL2, 0.1 M TRIS PH 8.15, 60 MM BENZAMIDINE. TO 10 UL PROTEIN SOL 0.5 UL DIMETHYLFORMAMID WAS ADDED PRIOR CRYSTAL SET UP. CRYSTALS WERE SOAKED WITH PTA-SFTI (ADDED IN LYOPHYLIZED FORM TO THE CRYSTALLIZATION DROP AFTER 2 WEEKS CRYSTAL GROWTH). TOTAL SOAKING TIME 8 DAYS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944PLUS / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→46.9 Å / Num. obs: 38509 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SFI

1sfi


解像度: 1.55→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.702 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21964 1931 5 %RANDOM
Rwork0.19004 ---
obs0.19157 36482 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 68 250 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.9852708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2295266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92425.53865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65115315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.616154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 123 -
Rwork0.273 2296 -
obs--87.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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