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- PDB-4a7d: X-ray crystal structure of HEWL flash-cooled at high pressure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a7d
タイトルX-ray crystal structure of HEWL flash-cooled at high pressure
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE / HIGH-PRESSURE COOLING / HIGH-PRESSURE PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.497 Å
データ登録者Burkhardt, A. / Warmer, M. / Panneerselvam, S. / Wagner, A. / Reimer, R. / Hohenberg, H. / Meents, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Fast High-Pressure Freezing of Protein Crystals in Their Mother Liquor
著者: Burkhardt, A. / Warmer, M. / Pannerselvam, S. / Wagner, A. / Zouni, A. / Reimer, R. / Hohenberg, H. / Meents, A.
履歴
登録2011年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Other
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,67311
ポリマ－14,3311
非ポリマー34210
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.222, 77.222, 37.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2049-

HOH

21A-2115-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV / ALLERGEN=GAL D 4 / HEN EGG-WHITE LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 15% (W/V) SODIUM CHLORIDE, PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 18506 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.66 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 193L

193l


解像度: 1.497→19.305 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 993 5.4 %
Rwork0.1752 --
obs0.1767 18465 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.827 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1341 Å20 Å20 Å2
2---0.1341 Å20 Å2
3---0.2681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.497→19.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 10 183 1193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0391379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.07364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4974-1.57630.31681400.29532362X-RAY DIFFRACTION97
1.5763-1.6750.26891500.23272453X-RAY DIFFRACTION100
1.675-1.80420.2571400.20452459X-RAY DIFFRACTION100
1.8042-1.98560.21831510.17982477X-RAY DIFFRACTION100
1.9856-2.27260.20771390.16352504X-RAY DIFFRACTION100
2.2726-2.86170.19161260.16792549X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-19.30710.17251470.15742668X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2373-0.52940.21412.0324-0.02480.8736-0.2065-0.07410.39020.420.023-0.2248-0.56080.12430.07490.3725-0.0327-0.10460.1017-0.04320.2067-16.10466.87679.1903
22.53550.021-0.95971.6203-0.93021.5870.1932-0.02730.65270.13-0.1718-0.0509-0.56330.38620.05490.38620.0261-0.07180.0120.02770.2183-23.029111.6216-1.9199
31.6285-0.8475-0.17421.00430.16690.6393-0.0537-0.0235-0.00570.1923-0.01060.0037-0.0783-0.05310.02540.1875-0.0001-0.0180.1144-0.01250.1431-21.3758-0.08635.8368
42.4390.87251.50042.4761.89424.68180.05850.2041-0.16290.13910.004-0.01970.1769-0.3850.0870.1333-0.012-0.04050.1478-0.02430.1942-19.3206-14.1121-4.8872
52.3803-1.1948-1.77564.06660.16652.0065-0.01850.2594-0.025-0.1492-0.07410.0607-0.1173-0.05760.09430.13690.0084-0.03910.1415-0.00020.1107-16.2609-6.6172-7.0376
62.0569-0.8196-0.75222.9850.29791.37570.0340.23340.2106-0.2979-0.1319-0.1459-0.3754-0.06920.07380.1787-0.0122-0.02540.1550.0320.1533-11.4928-2.8964-7.5383
74.1418-1.36561.5612.54020.06832.23760.06430.39510.2392-0.0223-0.1248-0.2922-0.28260.3289-0.02420.2171-0.0331-0.01050.12890.03130.2107-16.70845.2521-5.639
83.7217-0.3526-0.94543.5531-1.2881.81940.13840.54290.0547-0.3051-0.21880.1170.17060.0453-0.01990.23010.0407-0.02280.22590.01010.1574-27.04482.2257-7.5245
94.8757-1.1014-0.98552.0331-1.77532.4555-0.17940.1998-0.3834-0.57920.0415-0.31030.3168-0.31840.07960.2162-0.03760.03120.1125-0.03210.1633-31.0537-2.68450.7498
104.03444.19913.39256.03185.06224.47650.0636-0.24150.51350.19280.10710.1339-0.7377-0.32680.12220.38130.03710.0540.1435-0.04960.2066-28.05548.427710.3287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:14)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 15:24)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 25:42)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 43:50)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 51:68)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 69:88)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 89:99)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 100:108)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 109:114)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 115:129)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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