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- PDB-1lkr: MONOCLINIC HEN EGG WHITE LYSOZYME IODIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkr
タイトルMONOCLINIC HEN EGG WHITE LYSOZYME IODIDE
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / LYSOZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Steinrauf, L.K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
著者: Steinrauf, L.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg-White Lysozyme. Iv. X-Ray Refinement at 1.8 A Resolution and a Comparison of the Variable Regions in the Polymorphic Forms
著者: Rao, S.T. / Sundaralingam, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.C / 年: 1983
タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg White Lysozyme. II. The Refinement at 2.5 A Resolution--Conformational Variability between the Two Independent Molecules
著者: Rao, S.T. / Hogle, J. / Sundaralingam, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. / 年: 1959
タイトル: Preliminary X-Ray Data for Some New Crystalline Forms of Beta-Lactoglobulin and Hen Egg-White Lysozyme
著者: Steinrauf, L.K.
履歴
登録1998年1月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _refine.pdbx_starting_model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
B: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,82019
ポリマ－28,6622
非ポリマー2,15717
水5,603311
1
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,72712
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,39611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0937
ポリマ－14,3311
非ポリマー7616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.894, 63.153, 60.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.975515, 0.165171, -0.14522), (-0.15195, 0.983525, 0.097923), (0.159001, -0.073459, 0.984542)
ベクター: 12.82347, -2.73238, 31.97197)

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / MURAMIDASE


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: WORTHINGTON BIOCHEMICALS, USED WITHOUT PURIFICATION / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 %
結晶化pH: 8
詳細: 1% PROTEIN, 200 MMOLAR ACETATE BUFFER, PH 8, 5% SODIUM IODIDE, pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMacetate11
21.0 Msodium hydroxide11
310 mg/mlprotein11
45 %(w/w)sodium iodide11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→8 Å / Num. obs: 22327 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.0761
反射
*PLUS
Num. measured all: 68962

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解析

ソフトウェア
名称分類
MCSデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MCSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: REFINEMENT WAS INITIATED BY PROLSQ, WHICH DID NOT ALLOW ANISOTROPY. THE FINAL REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING SHELX-L93 WITH ALL ATOMS ANISOTROPIC. THE PRESENCE OF THE 17 IODIDE ATOMS MAKES ...詳細: REFINEMENT WAS INITIATED BY PROLSQ, WHICH DID NOT ALLOW ANISOTROPY. THE FINAL REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING SHELX-L93 WITH ALL ATOMS ANISOTROPIC. THE PRESENCE OF THE 17 IODIDE ATOMS MAKES THE APPLICATION OF THE USUAL ANALYSIS OF ERRORS NOT VALID. ONLY WHEN ANOTHER MONOCLINIC LYSOZYME STRUCTURE WITHOUT HEAVY ATOMS HAS BEEN REFINED BY THE SAME PROCEDURE WILL AN ANALYSIS BE POSSIBLE. NEVERTHELESS, A COMPARISON OF THE BOND LENGTHS BETWEEN THE TWO MOLECULES OF LYSOZYME GIVES AN AVERAGE ERROR OF 0.12 ANGSTROMS, WHICH IS IN GOOD AGREEMENT WITH THE LUZATTI ANALYSIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1404 4369 10 %RANDOM
all0.1058 44071 --
obs0.1404 -63 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 17 296 2315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.159
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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