PDB-2d4k: Monoclinic hen egg-white lysozyme crystallized at 313K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d4k

タイトル

Monoclinic hen egg-white lysozyme crystallized at 313K

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / phase transition / rigid-body motion / TLS analysis

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Harata, K. / Akiba, T.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structural phase transition of monoclinic crystals of hen egg-white lysozyme
著者: Harata, K. / Akiba, T.

履歴

登録	2005年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d4k.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d4k.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d4iC 2d4jC 1lysS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ngi-d 2ihl-d 1v7s-d 4h1p-d 6lav-d 4etd-d 7d05-d 3wl2-2 7cds-d 2d4i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

N: Lysozyme C

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

N: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.217, 63.484, 59.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.97 %
結晶化	温度: 313 K / 手法: batch method / pH: 7.6 詳細: 2% protein, 10% sodium chloride, 5% 1-propanol, pH 7.6, batch method, temperature 313K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 290 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月29日 / 詳細: Confocal Max-Flux optics
放射	モノクロメーター: curved mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→19.7 Å / Num. all: 71383 / Num. obs: 67029 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.14 % / R_merge(I) obs: 0.119
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.336 / % possible all: 62.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SaintPlus		データ削減
X-PLOR		モデル構築
SHELXL-97		精密化
SMART	V. 6000	データ削減
SAINTPLUS		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LYS

1lys

解像度: 1.15→19.7 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELX97 default
詳細: The author asigned the Rfree reflections by the following SHELXL97 input command line L.S. 5 -20 which indicates 5 cycles of least-squares calculation and ignore every 20th reflections (5%) ...

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.164	3349	RANDOM
R_work	0.132	-	-
obs	0.133	66976	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2038	0	6	249	2293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.032
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.08
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.093
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.028

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.2 Å / R_factor R_work: 0.164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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