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万見
- PDB-1lz8: LYSOZYME PHASED ON ANOMALOUS SIGNAL OF SULFURS AND CHLORINES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lz8
タイトルLYSOZYME PHASED ON ANOMALOUS SIGNAL OF SULFURS AND CHLORINES
要素PROTEIN (LYSOZYME)
キーワードHYDROLASE / O-GLYCOSYL / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Dauter, Z. / Dauter, M. / De La Fortelle, E. / Bricogne, G. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Can anomalous signal of sulfur become a tool for solving protein crystal structures?
著者: Dauter, Z. / Dauter, M. / de La Fortelle, E. / Bricogne, G. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録1999年3月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (LYSOZYME)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,63810
ポリマ－14,3311
非ポリマー3079
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.810, 78.810, 36.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (LYSOZYME)


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 8 CHLORIDE AND 1 SODIUM ION PRESENT / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 4.6
詳細: BATCH METHOD. 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM ACETATE PH 4.6 AND 10% NACL. CRYSTALS GROWN AT ROOM TEMPERATURE.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein11
210 %(w/v)11NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.927
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月1日 / 詳細: SEGMENTED MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.92→25 Å / Num. obs: 58373 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 0.93→0.94 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 78
反射
*PLUS
最高解像度: 1.53 Å / 最低解像度: 60 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.53 Å / 最低解像度: 1.56 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.19

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8LYZ

8lyz


解像度: 1.53→25 Å / SU B: 1.753 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 915 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 17923 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.043 Å20 Å20 Å2
2--1.043 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 9 224 1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0260.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.23
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.95
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.36
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.18
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.180.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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