PDB-9lyz: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF THE BINDING OF THE BACTERIAL CELL WALL T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lyz

タイトル

X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF THE BINDING OF THE BACTERIAL CELL WALL TRISACCHARIDE NAM-NAG-NAM TO LYSOZYME

要素

HEN EGG WHITE LYSOZYME

キーワード

HYDROLASE (O-GLYCOSYL)

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kelly, J.A. / James, M.N.G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
著者: Kelly, J.A. / Sielecki, A.R. / Sykes, B.D. / James, M.N. / Phillips, D.C.

履歴

登録	1979年12月6日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1980年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Non-polymer description / Other
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lyz.cif.gz	42.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lyz.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/9lyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/9lyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lyz
類似構造データ	5ole-d 2w1l-d 4lyz-d 4owa-1 6qy1-d 1bwj-d 7cds-d 2cds-d 1hsx-d 4lfp-d 5myy-d 1ljh-2 1lsy-d 2yvb-d 3wvy-d 1lsd-d 5njp-d 4xjb-d 1lzg-d 1yky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HEN EGG WHITE LYSOZYME

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.970, 78.970, 38.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

HEN EGG WHITE LYSOZYME

分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

#2: 多糖

N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 771.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
MurNAc1-4DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O_3OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.88 %

結晶化

*PLUS

pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
3	4 %		1	drop	NaCl
4	0.1 M		1	drop	NaOAc
1		MGM	1	drop		8mg
2		lysozyme	1	drop		15mg

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS Num. obs: 3652 / R_merge(I) obs*: 0.12

-
解析

精密化

R_factor R_work: 0.23 / 最高解像度: 2.5 Å
詳細: THIS ENTRY ORIGINALLY CONTAINED ONLY THE COORDINATES OF THE THREE SUGARS. IN ORDER TO BRING COMPLETENESS TO THE STRUCTURE, THE ENTRY HAS BEEN REMEDIATED BY MERGING THE COORDINATES OF THE ...

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	53	101	1155

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.23

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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