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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9lyz | |||||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF THE BINDING OF THE BACTERIAL CELL WALL TRISACCHARIDE NAM-NAG-NAM TO LYSOZYME | |||||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kelly, J.A. / James, M.N.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1979 タイトル: X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme. 著者: Kelly, J.A. / Sielecki, A.R. / Sykes, B.D. / James, M.N. / Phillips, D.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9lyz.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9lyz.ent.gz | 28.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9lyz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/9lyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/9lyz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 多糖 | N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 3652 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
-解析
精密化 | Rfactor Rwork: 0.23 / 最高解像度: 2.5 Å 詳細: THIS ENTRY ORIGINALLY CONTAINED ONLY THE COORDINATES OF THE THREE SUGARS. IN ORDER TO BRING COMPLETENESS TO THE STRUCTURE, THE ENTRY HAS BEEN REMEDIATED BY MERGING THE COORDINATES OF THE ...詳細: THIS ENTRY ORIGINALLY CONTAINED ONLY THE COORDINATES OF THE THREE SUGARS. IN ORDER TO BRING COMPLETENESS TO THE STRUCTURE, THE ENTRY HAS BEEN REMEDIATED BY MERGING THE COORDINATES OF THE POLYMER CHAIN AND WATER FROM THE RELATED ENTRY 6LYZ. | ||||||||||||
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.23 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |