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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a8a | ||||||
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タイトル | Asymmetric cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE COMPLEX / CHAPERONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / proteolysis involved in protein catabolic process / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / proteolysis involved in protein catabolic process / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / peptidase activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.2 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M | ||||||
データ登録者 | Malet, H. / Canellas, F. / Sawa, J. / Yan, J. / Thalassinos, K. / Ehrmann, M. / Clausen, T. / Saibil, H.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Newly folded substrates inside the molecular cage of the HtrA chaperone DegQ. 著者: Hélène Malet / Flavia Canellas / Justyna Sawa / Jun Yan / Konstantinos Thalassinos / Michael Ehrmann / Tim Clausen / Helen R Saibil / 要旨: The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA ...The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA proteins are well characterized, their chaperone activity remains poorly understood. Here we describe cryo-EM structures of Escherichia coli DegQ in its 12- and 24-mer states in complex with model substrates, providing a structural model of HtrA chaperone action. Up to six lysozyme substrates bind inside the DegQ 12-mer cage and are visualized in a close-to-native state. An asymmetric reconstruction reveals the binding of a well-ordered lysozyme to four DegQ protomers. DegQ PDZ domains are located adjacent to substrate density and their presence is required for chaperone activity. The substrate-interacting regions appear conserved in 12- and 24-mer cages, suggesting a common mechanism of chaperone function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a8a.cif.gz | 164.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a8a.ent.gz | 112.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45542.664 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 組織: PERIPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39099, peptidase Do #2: タンパク質 | | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 214 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ESCHERICHIA COLI DEGQ GALLUS GALLUS LYSOZYME / タイプ: COMPLEX / 詳細: QUALITY OF THE MICROGRAPH CHECKED WITH THE CTF |
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緩衝液 | 名称: 20 MM HEPES/NAOH, 150 MM NACL / pH: 7.5 / 詳細: 20 MM HEPES/NAOH, 150 MM NACL |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- MANUAL PLUNGER, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 詳細: LOW DOSE MODE |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -0.1 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 100 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: COMMON LINE, PROJECTION MATCHING / 解像度: 14.2 Å / 粒子像の数: 13432 / ピクセルサイズ(公称値): 2.8 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.8 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1981. (DEPOSITION ID: 10364). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--RIGID BODY AND FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3STJ Accession code: 3STJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 14.2 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 14.2 Å
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