+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w1l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE INTERDEPENDENCE OF WAVELENGTH, REDUNDANCY AND DOSE IN SULFUR SAD EXPERIMENTS: 0.979 a wavelength 991 images data | ||||||
要素 | LYSOZYME C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RADIATION DAMAGE / REDUNDANCY / SAD / DOSE / WAVELENGTH (波長) / DETECTOR- TILT GEOMETRY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Cianci, M. / Helliwell, J.R. / Suzuki, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: The Interdependence of Wavelength, Redundancy and Dose in Sulfur Sad Experiments. 著者: Cianci, M. / Helliwell, J.R. / Suzuki, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w1l.cif.gz | 41.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2w1l.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w1l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1l | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 4.2 / 詳細: PLEASE SEE REFERENCE., pH 4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月6日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 18855 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 120.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.51→55.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.226 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.941 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→55.47 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|