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万見
- PDB-2cmy: Crystal complex between bovine trypsin and Veronica hederifolia t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cmy
タイトルCrystal complex between bovine trypsin and Veronica hederifolia trypsin inhibitor
要素
  • CATIONIC TRYPSIN
  • VERONICA HEDERIFOLIA TRYPSIN INHIBITOR
キーワードHYDROLASE / ACYL-ENZYME INTERMEDIATE / SERINE PROTEASE INHIBITOR / ZYMOGEN / PROTEASE / DIGESTION / METAL-BINDING / SERINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
VERONICA HEDERIFOLIA (フラサバソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Conners, R. / Yardley, J.L. / Konarev, A. / Shewry, P. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: An Unusual Helix-Turn-Helix Protease Inhibitory Motif in a Novel Trypsin Inhibitor from Seeds of Veronica (Veronica Hederifolia L.).
著者: Conners, R. / Konarev, A. / Forsyth, J. / Lovegrove, A. / Marsh, J. / Joseph-Horne, T. / Shewry, P. / Brady, R.L.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATIONIC TRYPSIN
B: VERONICA HEDERIFOLIA TRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7056
ポリマ－27,3812
非ポリマー3244
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.657, 63.928, 71.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CATIONIC TRYPSIN / BETA TRYPSIN


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED PROTEIN OBTAINED FROM SIGMA / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド VERONICA HEDERIFOLIA TRYPSIN INHIBITOR


分子量: 4056.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM SEEDS / 由来: (天然) VERONICA HEDERIFOLIA (フラサバソウ) / 組織: SEED / 参照: UniProt: P85981*PLUS

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非ポリマー , 4種, 114分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細VERONICA HEDERIFOLIA TRYPSIN INHIBITOR SEQUENCE IS NOT PRESENT IN ANY SEQUENCE DATABASE. WE WILL ...VERONICA HEDERIFOLIA TRYPSIN INHIBITOR SEQUENCE IS NOT PRESENT IN ANY SEQUENCE DATABASE. WE WILL SUBMIT THE SEQUENCE ON PUBLICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: CRYSTALS OF TRYPSIN WERE GROWN IN 2.5M AMMONIUM SULPHATE, 6MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 8.15, 60MM BENZAMIDINE. THEY WERE BACKSOAKED IN 0.1M NA PHOSPHATE PH 5.8, 2.5M AMMONIUM SULPHATE ...詳細: CRYSTALS OF TRYPSIN WERE GROWN IN 2.5M AMMONIUM SULPHATE, 6MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 8.15, 60MM BENZAMIDINE. THEY WERE BACKSOAKED IN 0.1M NA PHOSPHATE PH 5.8, 2.5M AMMONIUM SULPHATE TO REMOVE BENZAMIDINE. CRYSTALS WERE MOVED TO 2.5M AMMONIUM SULPHATE, 1MM CALCIUM CHLORDIE, 0.1M TRIS PH 8 AND PEPTIDE INHIBITOR ADDED AT 10MM AND INCUBATED FOR 16 HOURS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月5日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.73 Å / Num. obs: 13342 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SFI

1sfi


解像度: 2.25→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 12.837 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-6, 16-17 AND 30-34 OF THE VERONICA HEDERIFOLIA INHIBITOR (CHAIN B) ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 661 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 12681 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.66 Å20 Å20 Å2
2---2.78 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 17 110 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.9592490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8535235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.1425.30366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56815304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.147155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.931.51235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55521907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4813721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3164.5583
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 32
Rwork0.281 716
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89690.03150.81712.1983-0.43521.48020.077-0.01-0.0754-0.01630.0011-0.04750.0122-0.0207-0.0781-0.172-0.0151-0.0253-0.19430.0023-0.234925.022-4.95315.045
24.5123-4.00433.20627.9233-1.02453.4520.0361-0.2457-0.04280.00450.07880.0919-0.24480.1152-0.1149-0.2182-0.0420.0777-0.23670.0125-0.281729.0990.69112.602
31.10310.6191.15321.9486-0.20682.32880.1405-0.14390.0548-0.1904-0.00970.25310.0106-0.1822-0.1308-0.21510.0006-0.0466-0.19260.0033-0.221417.023-3.1273.256
40.91510.7151.70831.72360.56653.6955-0.2703-0.19320.1514-0.43560.09720.2088-0.4313-0.28480.173-0.12070.0767-0.0637-0.14980.0071-0.195215.7645.6672.277
511.833-4.09610.25135.5308-2.78619.6865-0.12590.2246-0.1711-0.12240.5665-1.0606-0.31990.3467-0.4406-0.1905-0.08240.1606-0.1992-0.0579-0.122738.3877.1388.594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4A167 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5A235 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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