PDB-2vb1: HEWL at 0.65 angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vb1

タイトル

HEWL at 0.65 angstrom resolution

要素

LYSOZYME C

キーワード

HYDROLASE / ANTIMICROBIAL / TRICLINIC HEWL / ATOMIC RESOLUTION / LYSOZYME / ALLERGEN / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 0.65 Å

データ登録者

Wang, J. / Dauter, M. / Alkire, R. / Joachimiak, A. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Triclinic Lysozyme at 0.65 A Resolution.
著者: Wang, J. / Dauter, M. / Alkire, R. / Joachimiak, A. / Dauter, Z.

履歴

登録	2007年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年5月22日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.5	2023年3月8日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vb1.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vb1.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	132l 193l 194l 1a2y 1aki 1at5 1at6 1azf 1b0d 1b2k 1bgi 1bhz 1bvk 1bvx 1bwh 1bwi 1bwj 1c08 1c10 1dpw 1dpx 1dqj 1e8l 1f0w 1f10 1f3j 1fdl 1flq 1flu 1flw 1fly 1fn5 1g7h 1g7i 1g7j 1g7l 1g7m 1gpq 1gwd 1gxv 1gxx 1h6m 1h87 1hc0 1hel 1hem 1hen 1heo 1hep 1heq 1her 1hew 1hf4 1hsw 1hsx 1ic4 1ic5 1ic7 1iee 1io5 1ioq 1ior 1ios 1iot 1ir7 1ir8 1ir9 1j1o 1j1p 1j1x 1ja2 1ja4 1ja6 1ja7 1jis 1jit 1jiy 1jj0 1jj1 1jj3 1jpo 1jto 1jtt 1kip 1kiq 1kir 1kxw 1kxx 1kxy 1lcn 1lj3 1lj4 1lje 1ljf 1ljg 1ljh 1lji 1ljj 1ljk 1lkr 1lks 1lma 1lpi 1lsa 1lsb 1lsc 1lsd 1lse 1lsf 1lsg 1lsm 1lsn 1lsy 1lsz 1lyo 1lys 1lyz 1lz8 1lz9 1lza 1lzb 1lzc 1lzd 1lze 1lzg 1lzh 1lzn 1lzt 1mel 1mlc 1n4f 1nby 1nbz 1ndg 1ndm 1p2c 1ps5 1qio 1qtk 1rcm 1rfp 1ri8 1rjc 1sf4 1sf6 1sf7 1sfb 1sfg 1sq2 1t3p 1t6v 1ua6 1uc0 1uco 1uia 1uib 1uic 1uid 1uie 1uif 1uig 1uih 1uuz 1v7s 1v7t 1vat 1vau 1vdp 1vdq 1vds 1vdt 1ved 1vfb 1w6z 1wtm 1wtn 1xei 1xej 1xek 1xfp 1xgp 1xgq 1yik 1yil 1ykx 1yky 1ykz 1yl0 1yl1 1yqv 1z55 1zmy 2a6u 2a7d 2a7f 2aub 2b5z 2blx 2bly 2bpu 2c8o 2c8p 2cds 2cgi 2d4i 2d4j 2d4k 2d6b 2d91 2fbb 2hfm 2iff 2lym 2lyo 2lyz 2lzh 2lzt 3hfm 3lym 3lyo 3lyt 3lyz 3lzt 4lym 4lyo 4lyt 4lyz 4lzt 5lym 5lyt 5lyz 6lyt 6lyz 7lyz 8lyz
類似構造データ	2q0m-d 5e9r-d 3a3q-d 7ave-d 1wqr-d 1heo-d 1lhk-d 1iwu-d 7cjz-d 1rex-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSOZYME C

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.070, 31.250, 33.760
Angle α, β, γ (deg.)	87.98, 108.00, 112.11
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D 4 / GAL D IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / Cell: EGG / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.9 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: SITTING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 35 MG/ML HEWL, 0.02 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7 WELL SOLUTION: 1 M NANO3, 0.1 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7, 20 % ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AND WELL SOLUTIONS ...詳細: SITTING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 35 MG/ML HEWL, 0.02 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7 WELL SOLUTION: 1 M NANO3, 0.1 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7, 20 % ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AND WELL SOLUTIONS MIXED 1:1 IN A DROP AND SEEDED

結晶

マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.9 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: SITTING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 35 MG/ML HEWL, 0.02 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7 WELL SOLUTION: 1 M NANO3, 0.1 M NA ACETATE BUFFER PH 4.7, 20 % ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AND WELL SOLUTIONS ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.65
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.65 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.65→30 Å / Num. obs: 187165 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 36.2
反射シェル	解像度: 0.65→0.67 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 67.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL-97	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
ACORN	位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 0.65→30 Å / Num. parameters: 14111 / Num. restraintsaints: 20151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.0952	9365	5 %	RANDOM
all	0.0839	187165	-	-
obs	0.0848	-	97.5 %	-

Refine analyze

Num. disordered residues: 65 / Occupancy sum hydrogen: 976.69 / Occupancy sum non hydrogen: 1172.99

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	52	170	1223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.024
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.06
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0.04
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.0355
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.12
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.141
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0.098
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0.006
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.041
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0.085

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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