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万見
- PDB-1uuz: IVY:A NEW FAMILY OF PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uuz
タイトルIVY:A NEW FAMILY OF PROTEIN
要素
  • INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
  • LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / LYSOZYME-INHIBITOR COMPLEX / IVY / TYPE-C LYSOZYME INHIBITOR / LYSOZYME / HYDROLASE / GLYCOSIDASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / periplasmic space ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme superfamily / Inhibitor of vertebrate lysozyme (Ivy) / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 ...Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme superfamily / Inhibitor of vertebrate lysozyme (Ivy) / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Inhibitor of vertebrate lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Abergel, C. / Lembo, F. / Byrne, D. / Maza, C. / Claverie, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structure and Evolution of the Ivy Protein Family, Unexpected Lysozyme Inhibitors in Gram-Negative Bacteria.
著者: Abergel, C. / Monchois, V. / Byrne, D. / Chenivesse, S. / Lembo, F. / Lazzaroni, J.-C. / Claverie, J.M.
履歴
登録2004年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2004年1月14日ID: 1HKE
改定 1.02004年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
B: INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
C: LYSOZYME C
D: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7614
ポリマ－59,7614
非ポリマー00
水6,954386
1
A: INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
D: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8802
ポリマ－29,8802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
C: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8802
ポリマ－29,8802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.346, 60.760, 78.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME / IVY


分子量: 15549.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IVY COMPLEXED WITH HEWL IN CRYSTAL / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 解説: C-TERM HIS-TAG / プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HXB1
#2: タンパク質 LYSOZYME C


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LOOP CKPHDC IS RESPONSIBLE OF THE C-TYPE LYSOZYME ACTIVITY INHIBITION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, IMIDAZOLE/MALATE 0.2M PH 6.0, 5% GLYCEROL
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13.4 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8
30.2 Mimidazole malate1reservoirpH6.0
415-20 %(w/v)PEG40001reservoir
55 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.673 Å / Num. obs: 42990 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. measured all: 122164 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 4166 / Num. measured obs: 11604 / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GPQ

1gpq


解像度: 1.8→23.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4331 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 42946 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.456 Å2 / ksol: 0.325439 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å24.45 Å2
2--5.35 Å20 Å2
3----2.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4023 0 0 386 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 690 9.8 %
Rwork0.27 6382 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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