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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fcd | ||||||
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Title | Crystal structure of MccD protein | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / MccD protein / methyltransferase fold / SAM binding / McC binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of MccD protein. Authors: Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 278 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 239.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 441 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 536.525 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The N-terminal part of MccD protein / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 621.630 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The N-terminal part of MccD protein / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() | ||||
#3: Protein | Mass: 31602.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q83Y56 #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.6 M Na Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→39.22 Å / Num. obs: 38222 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→39.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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