PDB-5fcd: Crystal structure of MccD protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fcd

タイトル

Crystal structure of MccD protein

要素

MccD
UNK-UNK-UNK-MSE-UNK
UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / MccD protein / methyltransferase fold / SAM binding / McC binding /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity /

メチル化
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MccD protein.
著者: Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fcd.cif.gz	278 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fcd.ent.gz	239.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5u44-2 5p0d-d 4kb8-1 5ozn-d 5p3f-d 6n0p-1 2v7a-1 6kzi-d 5u46-2 2zns-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95362

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-IDP95362

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

E: UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

A: MccD

B: MccD

ヘテロ分子

64.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

A: MccD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

B: MccD

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

E: UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

A: MccD

B: MccD

ヘテロ分子

D: UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

E: UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

A: MccD

B: MccD

ヘテロ分子

D: UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

E: UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK

A: MccD

B: MccD

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
193 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.100, 95.100, 128.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質・ペプチド	UNK-UNK-UNK-MSE-UNK 分子量: 536.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N-terminal part of MccD protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	UNK-UNK-UNK-UNK-MSE-UNK 分子量: 621.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N-terminal part of MccD protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: タンパク質	MccD / MccD protein 分子量: 31602.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mccD 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q83Y56
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6 M Na Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.22 Å / Num. obs: 38222 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.22 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.86 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	3270	4.98 %
R_work	0.1993	-	-
obs	0.2004	65623	94.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3690	0	1	265	3956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	5138
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.283	1347
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1005-2.1318	0.3004	60	0.2619	1196	X-RAY DIFFRACTION	37
2.1318-2.1651	0.3104	83	0.2532	1620	X-RAY DIFFRACTION	52
2.1651-2.2006	0.2718	101	0.2469	1884	X-RAY DIFFRACTION	61
2.2006-2.2386	0.2727	114	0.2475	2135	X-RAY DIFFRACTION	68
2.2386-2.2793	0.27	120	0.2382	2449	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2793-2.3231	0.2964	158	0.2622	2666	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3231-2.3705	0.2565	122	0.2551	2913	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3705-2.422	0.3011	130	0.2503	2960	X-RAY DIFFRACTION	93
2.422-2.4784	0.2616	132	0.2408	2910	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4784-2.5404	0.2744	159	0.2284	2976	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5404-2.609	0.2232	171	0.2193	2939	X-RAY DIFFRACTION	94
2.609-2.6858	0.1859	156	0.2156	2942	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6858-2.7724	0.259	176	0.2103	2943	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7724-2.8715	0.2383	155	0.2029	2978	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8715-2.9864	0.212	174	0.2071	2973	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9864-3.1223	0.2182	132	0.195	2965	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1223-3.2868	0.2423	143	0.188	3027	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2868-3.4927	0.1845	143	0.177	2998	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4927-3.7621	0.1713	168	0.1537	2949	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7621-4.1403	0.1869	175	0.1531	2978	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1403-4.7386	0.1719	172	0.1508	2973	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7386-5.9667	0.2195	144	0.1966	3011	X-RAY DIFFRACTION	95
5.9667-39.2271	0.2574	182	0.2321	2968	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0468	-0.103	0.0059	0.2321	-0.0138	0.0007	0.0195	0.0463	0.0045	-0.4241	0.408	-1.0236	0.2061	0.9695	-0.448	0.609	-0.0361	0.0403	0.9362	0.0267	1.26	35.807	0.8143	7.3697
2	8.0592	0.0583	1.1261	0.0107	-0.1103	2.7449	0.0966	0.4426	-0.0664	-0.0912	-0.0617	0.2072	0.144	-0.1093	-0.0525	1.2102	-0.0144	0.2319	0.9683	0.2521	0.901	18.8445	-25.0322	-37.0506
3	2.2191	1.8951	0.4587	4.6396	-0.3227	3.9003	-0.0891	-0.0767	-0.1365	0.0805	0.049	-0.4033	-0.0451	0.2584	0.015	0.1585	0.0318	-0.0071	0.2652	-0.0001	0.2062	22.5173	-5.2208	8.1708
4	2.2613	-0.1651	0.0999	2.7304	-0.0603	3.3009	-0.0549	-0.0277	-0.2842	0.0002	0.0313	-0.3038	0.2815	0.1995	-0.006	0.2116	0.0689	0.0141	0.2505	0.0266	0.2313	21.5271	-17.5985	8.8116
5	1.8844	1.1073	0.3813	2.8607	-0.3927	3.9714	-0.0242	0.2669	-0.166	-0.2305	0.1253	-0.1895	0.2944	0.1844	-0.1158	0.1855	0.0749	0.008	0.2716	0.0016	0.1882	16.0979	-9.0845	-5.2386
6	4.3427	0.4318	-0.2466	1.8798	-0.8632	2.7082	0.1568	0.7343	0.2519	-0.3038	-0.125	-0.3565	-0.0224	0.4367	-0.0533	0.2659	0.0621	0.0559	0.3772	0.0642	0.2682	29.1359	1.0637	-8.6645
7	5.8707	-2.1421	0.0088	1.4431	0.2447	0.1788	-0.013	0.1915	0.3618	0.019	0.023	-0.7221	-0.1073	0.2439	-0.0562	0.2884	-0.021	-0.0058	0.3613	0.0353	0.5966	38.2173	-0.5138	1.125
8	3.4857	-3.4938	1.1851	3.8316	-0.6521	1.8353	0.3364	0.9013	-0.3924	-0.0958	0.1152	-0.4854	0.0886	0.1243	-0.4757	0.2919	-0.0083	0.0411	0.6666	-0.0724	0.9651	48.5915	-6.6141	-4.9612
9	5.0908	2.0597	0.8339	2.9094	-0.2929	2.7339	0.0272	0.0301	0.4932	-0.1937	-0.2537	-0.1628	-0.2655	0.1339	0.1963	0.2884	0.0561	0.0344	0.1583	0.0319	0.2536	21.042	3.8018	-0.9011
10	1.8614	0.382	0.0453	2.2647	-0.169	2.3568	-0.0034	-0.1077	-0.0831	0.0029	-0.0088	-0.2203	0.1109	0.3034	0.0311	0.1194	0.0525	0.0003	0.2568	0.0381	0.1621	22.2896	-7.3551	-34.1233
11	5.1651	0.9268	0.6526	1.8569	-0.2938	4.0044	0.2484	0.575	0.2002	-0.1842	-0.3598	-0.4745	-0.2633	1.3238	0.3385	0.6524	0.3543	-0.117	1.547	0.6339	0.5525	23.2141	-29.9316	-15.7829
12	1.3951	2.8007	0.8107	6.687	-1.2075	7.823	-0.1572	-0.3845	-0.3865	0.8208	0.6178	-0.1899	0.7918	-0.0257	-0.3198	0.358	0.0838	0.0004	0.4103	0.0892	0.2981	12.5583	-16.6478	-20.297
13	2.1852	-1.5645	0.6493	1.4456	-0.4915	0.2555	0.1888	-0.2224	-0.5789	0.0751	0.0975	-0.6237	0.4002	-0.0679	-0.272	0.4307	0.0383	-0.0897	0.2463	0.0406	0.8582	20.0393	-26.9046	-33.028
14	1.2066	-0.7051	-0.0024	1.5353	0.476	1.2248	0.229	-0.1365	-0.4238	0.5037	0.302	-1.1403	0.2586	-0.1336	-0.2404	0.7251	0.1518	-0.4705	0.1469	0.2062	1.1629	27.23	-34.3638	-26.3551
15	2.0602	1.5524	-0.5728	7.2223	0.6844	4.1257	0.0246	-0.0545	0.0116	-0.0033	0.001	0.5228	0.2524	-0.3914	-0.0464	0.127	-0.0102	-0.031	0.2698	0.0469	0.1941	9.9799	-11.7114	-30.8924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid -1 through 3 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid -3 through 2 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 192 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 236 through 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 257 through 267 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 30 through 163 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 164 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 175 through 192 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 193 through 225 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 236 through 256 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 257 through 267 )

-
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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