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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h6m | |||||||||
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タイトル | Covalent glycosyl-enzyme intermediate of hen egg white lysozyme | |||||||||
要素 | LYSOZYME C | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / COVALENT INTERMEDIATE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Vocadlo, D.J. / Davies, G.J. / Laine, R. / Withers, S.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Catalysis by Hen Egg-White Lysozyme Proceeds Via a Covalent Intermediate 著者: Vocadlo, D.J. / Davies, G.J. / Laine, R. / Withers, S.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Lysozyme Revisited: Crystallographic Evidence for Distortion of an N-Acetylmuramic Residue Bound in Subsite D 著者: Strydnaka, N.C.J. / James, M.N.G. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989 タイトル: Site Directed Mutagenesis of the Catalytic Residues Asp-52 and Glu-35 of Chicken Egg White Lysozyme 著者: Malcolm, B.A. / Rosenberg, S. / Corey, M.J. / Allen, J.S. / Debaetselier, A. / Kirsch, J.F. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1965 タイトル: Structure of Hen Egg-White Lysozyme: A Three Dimensional Fourier Analysis at 2.0A Resolution 著者: Blake, C.C.F. / Koenig, D.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h6m.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h6m.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h6m_validation.pdf.gz | 839.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h6m_full_validation.pdf.gz | 841.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h6m_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h6m_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14330.176 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT 2-FLUOROCHITOBIOSYL ENZYME INTERMEDIATE / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 解説: HEN EGG WHITE / プラスミド: PCL1 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): GRF180 / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: CRYSTALS OF THE HEWL COVALENT INTERMEDIATE WERE GROWN BY THE HANGING-DROPLET VAPOUR DIFFUSION METHOD OVER 4 DAYS AT 16 C. THE DROPLET CONTAINED 2.5 UL OF A SOLUTION OF 7.5 MG/ML HEWL(E35Q), ...詳細: CRYSTALS OF THE HEWL COVALENT INTERMEDIATE WERE GROWN BY THE HANGING-DROPLET VAPOUR DIFFUSION METHOD OVER 4 DAYS AT 16 C. THE DROPLET CONTAINED 2.5 UL OF A SOLUTION OF 7.5 MG/ML HEWL(E35Q), 20 MM NAG2FGLCF, 200 MM SODIUM ACETATE (NAOAC) BUFFER PH 5.0 AND 2.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION (200MM) NAOAC, CONTAINING 4.0 % NACL (W/V), PH 4.5 WAS SUSPENDED OVER THE RESERVOIR SOLUTION. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月15日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→20 Å / Num. obs: 14536 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: REFINED COORDINATES FOR APO STRUCTURE E35Q MUTANT 解像度: 1.64→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.771 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→18 Å
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拘束条件 |
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