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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c8o | ||||||
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タイトル | lysozyme (1sec) and UV lasr excited fluorescence | ||||||
要素 | LYSOZYME C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / LASER (レーザー) / UV / VISUALISATION / ALLERGEN (アレルゲン) / ANTIMICROBIAL / BACTERIOLYTIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vernede, X. / Lavault, B. / Ohana, J. / Nurizzo, D. / Joly, J. / Jacquamet, L. / Felisaz, F. / Cipriani, F. / Bourgeois, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: Uv Laser-Excited Fluorescence as a Tool for the Visualization of Protein Crystals Mounted in Loops. 著者: Vernede, X. / Lavault, B. / Ohana, J. / Nurizzo, D. / Joly, J. / Jacquamet, L. / Felisaz, F. / Cipriani, F. / Bourgeois, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c8o.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c8o.ent.gz | 31.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 細胞株: WHITE EGG / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 19158 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3LZT 解像度: 1.5→55.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.64 Å
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拘束条件 |
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