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万見
- PDB-2x4u: Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to HIV-1 Peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4u
タイトルCrystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to HIV-1 Peptide RT468-476
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
  • REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / IMMUNE RESPONSE / SECRETED / GLYCATION / AMYLOIDOSIS / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / AMYLOID / MEMBRANE / PHOTOCLEAVABLE PEPTIDE / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / ENVELOPE PROTEIN / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / RNA-directed DNA polymerase activity / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / telomerase activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / DNA integration / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / positive regulation of protein binding / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / MHC class II protein complex binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / amyloid fibril formation
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Gag-Pol polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Uv-Induced Ligand Exchange in Mhc Class I Protein Crystals.
著者: Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,25920
ポリマ－89,4546
非ポリマー1,80514
水7,656425
1
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,77311
ポリマ－44,7273
非ポリマー1,0468
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
2
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4869
ポリマ－44,7273
非ポリマー7596
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-13.6 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.215, 82.774, 79.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN / MHC CLASS I ANTIGEN A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLI BLUE / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / P66 RT


分子量: 993.199 Da / 分子数: 2 / 断片: REVERSE TRANSCRIPTASE, RESIDUES 908-916 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H

-
非ポリマー , 3種, 439分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細INITIALIZING METHIONINE (B0 AND E0) ADDED TO SEQUENCE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97932
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46009 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEY

1eey


解像度: 2.1→19.95 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1985 4.3 %
Rwork0.1762 --
obs0.1787 45960 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.778 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6252 Å20 Å20.6627 Å2
2--4.3599 Å20 Å2
3----3.7346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6308 0 114 425 6847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4749310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7852537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.165929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.15250.2371400.17653122X-RAY DIFFRACTION96
2.1525-2.21060.23231360.17033094X-RAY DIFFRACTION97
2.2106-2.27560.26281480.17613076X-RAY DIFFRACTION97
2.2756-2.34890.24491390.18343130X-RAY DIFFRACTION97
2.3489-2.43280.2381440.17723125X-RAY DIFFRACTION97
2.4328-2.530.26251510.18213120X-RAY DIFFRACTION97
2.53-2.64490.24781320.1943138X-RAY DIFFRACTION97
2.6449-2.7840.24811530.18613137X-RAY DIFFRACTION98
2.784-2.95790.2761310.19913163X-RAY DIFFRACTION97
2.9579-3.18540.27231490.19783152X-RAY DIFFRACTION98
3.1854-3.50440.2711450.19023134X-RAY DIFFRACTION98
3.5044-4.00790.17751390.15913187X-RAY DIFFRACTION98
4.0079-5.03610.1851360.13453207X-RAY DIFFRACTION98
5.0361-19.95050.21511420.17513190X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3782-0.13610.58270.97350.30172.47660.0719-0.07810.04130.04630.10220.2803-0.1562-0.180900.14260.01370.04130.13760.04260.243.84013.261918.7763
20.6890.2314-0.31491.0173-0.82391.38050.13-0.01620.0687-0.0569-0.0879-0.0459-0.06840.41530.00010.14520.01760.01580.2299-0.00180.132535.42476.86172.6975
31.2907-0.11250.08691.7468-0.06050.36260.13080.1766-0.1522-0.0979-0.01560.00140.07610.0557-00.15870.0206-0.05660.1309-0.02350.147125.0143-11.635310.841
41.5311-0.69650.10081.348-0.19622.36960.01640.0633-0.03930.0316-0.0457-0.46370.01810.039500.1966-0.0342-0.00480.1488-0.01820.257626.596537.29736.1033
51.20180.10190.02860.6545-0.03961.11910.2939-0.0087-0.1051-0.1995-0.00910.30260.3395-0.487-0.00010.2384-0.0021-0.10630.30420.02510.2428-4.822632.645819.9512
60.94590.19060.3490.6393-0.33341.48610.0790.07440.08170.0699-0.01090.0489-0.3777-0.15700.27760.04670.10850.15960.02620.14885.762651.152627.0863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:180)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 181:275)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 0:99)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID 1:180)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN D AND RESID 181:275)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN E AND RESID 0:99)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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