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- PDB-1ao7: COMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR, VIRAL PEPTIDE (TAX), AND H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ao7
タイトルCOMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR, VIRAL PEPTIDE (TAX), AND HLA-A 0201
要素
  • (T CELL RECEPTOR ...) x 2
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • HLA-A 0201
  • TAX PEPTIDE
キーワードCOMPLEX (MHC/VIRAL PEPTIDE/RECEPTOR) / CLASS I MHC / T-CELL RECEPTOR / VIRAL PEPTIDE / COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR / COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / endoplasmic reticulum exit site / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / regulation of mRNA stability / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / SH3 domain binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class I protein complex / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nicotine / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / specific granule lumen / peptide antigen binding / T cell receptor signaling pathway / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / sensory perception of smell / Interferon alpha/beta signaling / tertiary granule lumen / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / late endosome membrane / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / cellular response to lipopolysaccharide / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / host cell cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...HTLV Tax / HTLV Tax / : / : / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Immunoglobulin V-Type / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / : / T cell receptor alpha variable 12-2 / T cell receptor beta variable 6-5 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Tax-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, HEAVY ATOM DERIVATIVES, ITERATIVE REAL-SPACE AVERAGING / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Garboczi, D.N. / Ghosh, P. / Utz, U. / Fan, Q.R. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of the complex between human T-cell receptor, viral peptide and HLA-A2.
著者: Garboczi, D.N. / Ghosh, P. / Utz, U. / Fan, Q.R. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1996
タイトル: Assembly, Specific Binding, and Crystallization of a Human Tcr-Alphabeta with an Antigenic Tax Peptide from Human T Lymphotropic Virus Type 1 and the Class I Mhc Molecule Hla-A2
著者: Garboczi, D.N. / Utz, U. / Ghosh, P. / Seth, A. / Kim, J. / Vantienhoven, E.A. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
履歴
登録1997年7月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年3月13日Group: Other
改定 1.52016年5月25日Group: Structure summary
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02026年8月12日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_modification_feature ...chem_comp / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order
Item: _chem_comp.formula / 解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-A 0201
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: TAX PEPTIDE
D: T CELL RECEPTOR ALPHA
E: T CELL RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0267
ポリマ－94,5675
非ポリマー4592
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
2
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
ヘテロ分子

B: BETA-2 MICROGLOBULIN
ヘテロ分子

A: HLA-A 0201
C: TAX PEPTIDE
D: T CELL RECEPTOR ALPHA
E: T CELL RECEPTOR BETA

A: HLA-A 0201
C: TAX PEPTIDE
D: T CELL RECEPTOR ALPHA
E: T CELL RECEPTOR BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,05214
ポリマ－189,13310
非ポリマー9194
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area15960 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area67950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.300, 49.500, 96.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA-A 0201 / HLA-A2 HEAVY CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2, ALPHA 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: HLA-A 0201 / 器官: PLASMA / プラスミド: PHN1+
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11793.288 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y67C, K91C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: V BETA 12.3 [BV13S1] - D BETA 2.1 - J BETA 2.1 - / 器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド TAX PEPTIDE


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 1
断片: RESIDUES 11 - 19 FROM TAX PROTEIN OF HUMAN T LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
属: Deltaretrovirus / 生物種: Primate T-lymphotropic virus 1 / 参照: UniProt: P14079

-
T CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T CELL RECEPTOR ALPHA


分子量: 22488.549 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS V AND C, RESIDUES 1 - 212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: V ALPHA 2.3 [AV2S1A2] - J ALPHA 24 - C ALPHA / 器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A075B6T6*PLUS
#5: タンパク質 T CELL RECEPTOR BETA


分子量: 27360.379 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS V AND C, RESIDUES 1 - 246 / Mutation: C191A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE
遺伝子: V BETA 12.3 [BV13S1] - D BETA 2.1 - J BETA 2.1 - C BETA 2
器官: PLASMA / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 3002925, UniProt: A0A0K0K1A5*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 39分子

#6: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6.5
詳細: CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1996年5月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→12 Å / Num. obs: 29279 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3.5 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 82.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
VECREFモデル構築
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
VECREF位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, HEAVY ATOM DERIVATIVES, ITERATIVE REAL-SPACE AVERAGING
開始モデル: PDB ENTRIES 1HHK, 1BEC CHAIN 1934.4

1hhk

1bec


解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: REFMAC ALSO USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 3006 10.3 %SHELLS
Rwork0.245 ---
obs0.245 29279 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6 Å20 Å20 Å2
2--6 Å20 Å2
3---6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5668 0 6 37 5711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.53
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.475
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.974
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.926
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 289 9.1 %
Rwork0.359 2878 -
obs--83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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