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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z7v | |||||||||
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Title | L3-12 complex | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR-LIGAND COMPLEX | |||||||||
Function / homology | ![]() nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / Koning, F. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Determinants of Gliadin-Specific T Cell Selection in Celiac Disease. Authors: Petersen, J. / van Bergen, J. / Loh, K.L. / Kooy-Winkelaar, Y. / Beringer, D.X. / Thompson, A. / Bakker, S.F. / Mulder, C.J. / Ladell, K. / McLaren, J.E. / Price, D.A. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / Koning, F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 540.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 58.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z7uSC ![]() 4z7wC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-MHC class II HLA-DQ- ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 21882.221 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-184 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 24484.211 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-192 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-T-CELL RECEPTOR, L3-12 ... , 2 types, 4 molecules EGFH
#3: Protein | Mass: 22850.248 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 27475.285 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 337 molecules IJ![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Protein/peptide | Mass: 1803.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Sugars , 3 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#7: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#8: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 80 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 16% PEG8000 PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→74.14 Å / Num. obs: 61285 / % possible obs: 98.28 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 63.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.745 Å / Redundancy: 2.62 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 97.96 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4Z7U Resolution: 2.65→74.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU R Cruickshank DPI: 0.601 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.523 / SU Rfree Blow DPI: 0.267 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
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Displacement parameters | Biso mean: 61.71 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.362 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→74.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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