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- PDB-4p2o: Crystal structure of the 2B4 TCR in complex with 2A/I-Ek -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2o
タイトルCrystal structure of the 2B4 TCR in complex with 2A/I-Ek
要素
  • (2B4 T-cell receptor ...) x 2
  • 2A peptide
  • H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
  • MHC class II E-beta-k
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / peptide-MHC / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response ...immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain / MHC class II antigen IEk-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Birnbaum, M.E. / Ozkan, E. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Deconstructing the Peptide-MHC Specificity of T Cell Recognition.
著者: Birnbaum, M.E. / Mendoza, J.L. / Sethi, D.K. / Dong, S. / Glanville, J. / Dobbins, J. / Ozkan, E. / Davis, M.M. / Wucherpfennig, K.W. / Garcia, K.C.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32015年2月25日Group: Derived calculations
改定 2.02017年9月20日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
B: MHC class II E-beta-k
C: 2B4 T-cell receptor alpha chain
D: 2B4 T-cell receptor beta chain
P: 2A peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9379
ポリマ－105,5575
非ポリマー1,3804
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area36550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.936, 60.176, 78.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS DETERINED BY SURFACE PLASMA RESONANCE

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain


分子量: 23618.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質 MHC class II E-beta-k


分子量: 26747.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Eb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31163

-
2B4 T-cell receptor ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 2B4 T-cell receptor alpha chain


分子量: 24104.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: タンパク質 2B4 T-cell receptor beta chain


分子量: 29007.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 119分子 P

#5: タンパク質・ペプチド 2A peptide


分子量: 2078.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18-20% PEG 3350, 0.02M Na/K Phosphate, 0.1M Bis Tris Propane pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 32517 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.603→47.667 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1649 5.07 %
Rwork0.1887 --
obs0.1916 32517 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→47.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6493 0 90 118 6701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6959196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2852435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.603-2.67970.36431180.28132266X-RAY DIFFRACTION87
2.6797-2.76620.37591320.26452580X-RAY DIFFRACTION97
2.7662-2.8650.27621370.25042577X-RAY DIFFRACTION98
2.865-2.97970.33981330.23872586X-RAY DIFFRACTION98
2.9797-3.11530.28951430.22532570X-RAY DIFFRACTION97
3.1153-3.27950.26911350.21882579X-RAY DIFFRACTION97
3.2795-3.48490.24321460.19972583X-RAY DIFFRACTION99
3.4849-3.75390.23191360.18982620X-RAY DIFFRACTION98
3.7539-4.13150.20981460.16282562X-RAY DIFFRACTION97
4.1315-4.72880.22221170.14132632X-RAY DIFFRACTION98
4.7288-5.9560.22941510.15642635X-RAY DIFFRACTION98
5.956-47.67550.20541550.18792678X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13640.18750.23620.16790.14390.1520.0346-0.2020.06260.1633-0.0558-0.059-0.01470.113600.3304-0.01910.05990.4803-0.04740.3233106.7776-35.868725.0135
20.09170.0381-0.05520.05150.02960.0586-0.0647-0.01910.3013-0.16090.0971-0.1897-0.24130.299500.45480.02450.00720.44360.02330.450898.7856-25.801921.9388
30.15510.12-0.05730.1568-0.0785-0.00560.04390.19130.26150.24150.06870.03570.4260.29220.00180.35760.0169-0.00120.5011-0.06160.2231102.106-30.718513.6248
40.02580.07670.01590.02820.0160.0482-0.4729-0.2514-0.3639-0.7490.569-0.0677-0.16830.19120.00020.4120.00590.04610.5549-0.10830.3826103.4572-39.25299.4279
50.08230.08490.00980.195-0.16550.15830.04880.02770.1114-0.1570.02240.0608-0.3737-0.2440.00010.3217-0.04150.02390.3032-0.05180.282788.8833-27.401528.397
60.4294-0.30080.49780.6374-0.4830.59770.2271-0.04240.66690.25590.2205-0.0268-0.34710.26330.33360.7045-0.19640.14240.5507-0.07380.4575112.14-15.298726.4576
70.09660.14510.02490.3261-0.25040.18670.0272-0.26470.21930.19390.15270.1398-0.11820.57700.463-0.09440.07140.5952-0.03620.4746115.7899-16.464614.7839
80.123-0.03240.0826-0.0004-0.01790.04320.22580.4190-0.0333-0.12080.0903-0.1207-0.1263-0.00010.6302-0.0310.07610.5893-0.0750.5021110.9856-10.2457.2793
90.19760.06490.10860.18690.09060.0695-0.03580.03480.04280.1418-0.2482-0.0801-0.01020.127900.4408-0.06550.04030.5216-0.08080.3467110.769-21.749520.0778
100.0851-0.05720.1010.0028-0.05830.07360.3250.27420.56440.31470.3668-0.2805-0.37620.0433-0.00010.5543-0.09730.14790.5959-0.0140.6256119.2109-7.695311.3277
110.01360.06740.04220.1370.0230.1035-0.17570.5896-0.251-0.35870.02540.287-0.72080.2483-0.00010.7566-0.22320.08620.8073-0.09420.5817114.8598-7.72320.7388
120.7061-0.1430.47550.1396-0.15610.47020.3592-0.33340.44110.1878-0.1219-0.4569-0.23440.24-0.13590.6656-0.07280.22880.4203-0.08230.565795.6826-15.275632.0728
130.1580.1366-0.02910.1465-0.02080.076-0.1499-0.1312-0.37460.1732-0.07890.4516-0.13340.3311-0.00060.341-0.03950.01720.4742-0.10570.4625106.8503-40.411829.3352
140.0310.0018-0.09950.018-0.0370.0599-0.09020.1120.16530.3144-0.144-0.12020.0411-0.048900.4416-0.09170.00520.4518-0.07630.3629101.8202-34.685434.0228
150.9115-0.0920.32390.3655-0.15460.13890.0739-0.3816-0.08650.26870.3592-0.1691-0.38020.06790.10.5082-0.02820.1010.4113-0.12280.2811100.7012-30.602138.0308
160.0911-0.0330.02980.0196-0.01760.02850.0868-0.53-0.6575-0.1344-0.20010.1104-0.48220.0020.0020.40690.02390.04380.47060.0440.34599.602-39.320241.5569
170.4699-0.04180.28840.0172-0.04120.13720.042-0.3811-0.21330.0476-0.08210.1711-0.07020.2402-0.00020.3435-0.00430.00920.423-0.03510.353492.4386-40.90237.5813
180.0331-0.0464-0.00410.0280.00320.0112-0.07520.0729-0.7683-0.35780.04810.26250.0025-0.04910.00020.30930.0289-0.0010.3949-0.01370.4532105.7763-46.585219.6188
190.00530.0003-0.01170.01470.01380.02190.15850.14860.14510.2025-0.0069-0.5156-0.08830.08520.00050.54750.01220.09960.5931-0.14030.4692114.0358-41.611513.6762
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290.0665-0.0922-0.21560.20820.18080.31930.2235-0.1327-0.20690.0836-0.02130.2185-0.1408-0.0161-00.37520.0585-0.03750.3534-0.01340.45879.8032-53.929223.9397
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440.0078-0.0129-0.00180.015-0.00010.0426-0.4148-0.0774-0.0316-0.39920.06270.20510.2359-0.07450.00070.5791-0.05420.05480.4415-0.13720.3944100.3556-45.262810.9106
450.00080.004-0.00940.01160.01-0.0054-0.5388-0.1038-0.0946-0.2627-0.17410.1777-0.1544-0.3009-0.00010.23350.05530.00350.4288-0.00170.398294.8496-38.892724.1702
460.0260.04860.01240.03290.02620.0210.2625-0.1203-0.22310.0995-0.14940.37130.24550.11970.00070.4875-0.07970.04440.48290.09790.422986.6454-31.992335.069
470.03910.01260.02050.02290.01950.0316-0.2159-0.16310.07-0.1870.15050.02380.169-0.12670.00030.8466-0.05260.05720.9780.05120.55487.9575-22.733446.5885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 55 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 56 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 93 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 94 through 123 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 124 through 134 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 135 through 154 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 155 through 166 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 167 through 180 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 4 through 8 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 9 through 23 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 24 through 32 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 33 through 41 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 42 through 51 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 52 through 77 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 78 through 88 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 89 through 93 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 94 through 98 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 99 through 105 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 113 through 129 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 130 through 134 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 135 through 165 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 169 through 183 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 184 through 189 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 2 through 13 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 14 through 24 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 25 through 41 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 42 through 55 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 56 through 73 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 74 through 109 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 110 through 130 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 131 through 166 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 167 through 176 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 177 through 190 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'C' and (resid 191 through 201 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 1 through 68 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 69 through 123 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 124 through 139 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 140 through 214 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'D' and (resid 215 through 232 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'D' and (resid 233 through 244 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'P' and (resid -4 through 1 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'P' and (resid 2 through 6 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'P' and (resid 7 through 11 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'P' and (resid 12 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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