+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p2o | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the 2B4 TCR in complex with 2A/I-Ek | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / peptide-MHC / complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosomal membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.603 Å | ||||||||||||
Authors | Birnbaum, M.E. / Ozkan, E. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2014 Title: Deconstructing the Peptide-MHC Specificity of T Cell Recognition. Authors: Birnbaum, M.E. / Mendoza, J.L. / Sethi, D.K. / Dong, S. / Glanville, J. / Dobbins, J. / Ozkan, E. / Davis, M.M. / Wucherpfennig, K.W. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p2o.cif.gz | 353.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p2o.ent.gz | 286.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p2o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS DETERINED BY SURFACE PLASMA RESONANCE |
-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23618.467 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P04224 |
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#2: Protein | Mass: 26747.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: H2-Eb1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q31163 |
-2B4 T-cell receptor ... , 2 types, 2 molecules CD
#3: Protein | Mass: 24104.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
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#4: Protein | Mass: 29007.463 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 119 molecules P
#5: Protein/peptide | Mass: 2078.304 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
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#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Sugars , 2 types, 4 molecules
#6: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#7: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 18-20% PEG 3350, 0.02M Na/K Phosphate, 0.1M Bis Tris Propane pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2011 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 32517 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.6 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.603→47.667 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 28.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.603→47.667 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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