+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p2r | ||||||
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Title | Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / peptide-MHC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosomal membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.295 Å | ||||||
Authors | Birnbaum, M.E. / Ozkan, E. / Garcia, K.C. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2014 Title: Deconstructing the Peptide-MHC Specificity of T Cell Recognition. Authors: Birnbaum, M.E. / Mendoza, J.L. / Sethi, D.K. / Dong, S. / Glanville, J. / Dobbins, J. / Ozkan, E. / Davis, M.M. / Wucherpfennig, K.W. / Garcia, K.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p2r.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p2r.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p2r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4p2r_validation.pdf.gz | 608.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4p2r_full_validation.pdf.gz | 642 KB | Display | |
Data in XML | 4p2r_validation.xml.gz | 105.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4p2r_validation.cif.gz | 142.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2r | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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Details | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS DETERINED BY SURFACE PLASMA RESONANCE |
-Components
-Protein , 2 types, 8 molecules AFKPBGLQ
#1: Protein | Mass: 23618.467 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P04224 #2: Protein | Mass: 24433.174 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: H2-Eb1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q31163 |
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-5cc7 T-cell receptor ... , 2 types, 8 molecules DINSEJOT
#4: Protein | Mass: 22765.146 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 #5: Protein | Mass: 29610.090 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) |
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-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 9 molecules CHMR
#3: Protein/peptide | Mass: 1383.612 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Potassium citrate, 18% PEG 3350, 4% 1,3 butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97945 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.29→39.81 Å / Num. obs: 84239 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.8 % / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.29→3.36 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 84.9 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Resolution: 3.295→39.454 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.295→39.454 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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