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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ks9 | ||||||
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Title | Bel502-DQ8-glia-alpha1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Celiac Disease T cell receptor peptide MHC complex | ||||||
Function / homology | ![]() nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / response to bacterium / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane ...nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / response to bacterium / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosomal membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Diverse T Cell Receptor Gene Usage in HLA-DQ8-Associated Celiac Disease Converges into a Consensus Binding Solution. Authors: Petersen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Loh, K.L. / Tran, M. / van Bergen, J. / Koning, F. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 548.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 557.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 21882.221 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 26198.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: HLA-DQB1 / Production host: ![]() |
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-Protein , 2 types, 4 molecules EGFH
#3: Protein | Mass: 22984.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 27233.248 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 6 molecules IJ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: Protein/peptide | Mass: 1659.665 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 696 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M Na-Acetate, 22% PEG8000, Tris/Cl pH8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→46.9 Å / Num. obs: 63405 / % possible obs: 98.84 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 38.28 Å2 / Net I/σ(I): 5.52 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 36.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→46.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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