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- PDB-5ks9: Bel502-DQ8-glia-alpha1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ks9
タイトルBel502-DQ8-glia-alpha1 complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DQ ...) x 2
  • Bel502 TCR alpha TRAV20*01
  • Bel502 TCR beta TRBV9*01
  • DQ8-glia-alpha1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Celiac Disease T cell receptor peptide MHC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / immune system process / response to bacterium / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / : / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 20 / T cell receptor beta variable 9 / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / Alpha/beta-gliadin MM1 / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / Prolamin / HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1085875 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Diverse T Cell Receptor Gene Usage in HLA-DQ8-Associated Celiac Disease Converges into a Consensus Binding Solution.
著者: Petersen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Loh, K.L. / Tran, M. / van Bergen, J. / Koning, F. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: Bel502 TCR alpha TRAV20*01
F: Bel502 TCR beta TRBV9*01
G: Bel502 TCR alpha TRAV20*01
H: Bel502 TCR beta TRBV9*01
I: DQ8-glia-alpha1 peptide
J: DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,96218
ポリマ－199,91710
非ポリマー1,0458
水12,466692
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
G: Bel502 TCR alpha TRAV20*01
H: Bel502 TCR beta TRBV9*01
J: DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4819
ポリマ－99,9595
非ポリマー5234
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: Bel502 TCR alpha TRAV20*01
F: Bel502 TCR beta TRBV9*01
I: DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4819
ポリマ－99,9595
非ポリマー5234
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.560, 56.870, 232.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain


分子量: 21882.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q30063, UniProt: L8E864*PLUS
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / MHC class II antigen DQB1


分子量: 26198.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: U3PYM0, UniProt: R9XSW3*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EGFH

#3: タンパク質 Bel502 TCR alpha TRAV20*01


分子量: 22984.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J274*PLUS
#4: タンパク質 Bel502 TCR beta TRBV9*01


分子量: 27233.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A580*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド DQ8-glia-alpha1 peptide


分子量: 1659.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18573*PLUS
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 696分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Na-Acetate, 22% PEG8000, Tris/Cl pH8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→46.9 Å / Num. obs: 63405 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 38.28 Å2 / Net I/σ(I): 5.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.612 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.661 / SU Rfree Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1263 1.99 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 63405 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1749 Å20 Å23.1259 Å2
2---4.8981 Å20 Å2
3----0.2768 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12756 0 60 694 13510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01513168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1617958HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5926SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes343HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1913HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13168HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1708SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14623SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 102 2.18 %
Rwork0.216 4578 -
all0.217 4680 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0467-0.08910.77280.6692-0.36491.5665-0.0815-0.16470.23470.1155-0.0588-0.0195-0.2794-0.1810.1403-0.0508-0.02870.00420.0255-0.028-0.12179.5003-19.975325.423
20.9836-0.19960.61920.50970.03411.8271-0.0412-0.2289-0.10270.15780.0470.05480.1082-0.1313-0.0058-0.0658-0.02090.04240.01720.0464-0.155514.575-35.221130.5446
32.0397-0.36310.48520.9392-0.22291.5248-0.1341-0.53580.42630.17880.0133-0.0516-0.3375-0.20860.1208-0.1436-0.02230.0125-0.1395-0.09420.101615.07285.9341-90.6624
42.315-0.27190.99980.639-0.22442.1846-0.0837-0.6276-0.1340.20150.10350.06860.0199-0.1676-0.0199-0.1793-0.02240.0524-0.12210.05-0.010919.8419-9.4393-87.8914
51.38040.2472-2.09170.5994-0.30944.5371-0.1873-0.0973-0.0563-0.16110.00450.01790.31920.41440.1828-0.13910.10590.0391-0.16560.00940.108442.2116-10.673-139.3006
60.7312-0.361-1.07830.0667-0.25751.44050.02790.2-0.0664-0.0419-0.02240.10040.0285-0.0701-0.0055-0.1148-0.02330.0064-0.0676-0.05710.108132.26484.7388-144.1905
71.3856-0.0397-2.46440.34420.33494.0528-0.1777-0.0553-0.1311-0.07230.03670.02410.32970.17050.141-0.0880.05050.01710.0155-0.0072-0.106436.6831-36.5916-23.0247
81.746-0.4648-1.82060.0113-0.29651.81080.03420.426-0.1045-0.010.00410.07270.0117-0.3487-0.0383-0.115-0.0461-0.01330.0898-0.0853-0.199526.6115-21.2168-28.1468
90.4542-1.8467-1.3435.1538-1.96752.09810.0232-0.0006-0.0547-0.0464-0.0881-0.0386-0.1040.04150.0649-0.2021-0.02460.0511-0.2908-0.00910.223220.337-4.1074-110.0395
100.5477-0.6101-2.49593.6388-1.17971.65570.00780.06370.0039-0.0061-0.0502-0.0919-0.042-0.03220.0423-0.05110.04070.0407-0.0369-0.0069-0.003214.7865-30.00386.0008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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