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- PDB-4ozi: S2 protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozi
タイトルS2 protein complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DQ ...) x 2
  • (T-cell receptor, s2, ...) x 2
  • deamidated Gliadin-alpha1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 ...nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / : / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / Alpha/beta-gliadin A-II / TRA@ protein / HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: T-cell receptor recognition of HLA-DQ2-gliadin complexes associated with celiac disease.
著者: Petersen, J. / Montserrat, V. / Mujico, J.R. / Loh, K.L. / Beringer, D.X. / van Lummel, M. / Thompson, A. / Mearin, M.L. / Schweizer, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / van Bergen, J. / Drijfhout, J.W. ...著者: Petersen, J. / Montserrat, V. / Mujico, J.R. / Loh, K.L. / Beringer, D.X. / van Lummel, M. / Thompson, A. / Mearin, M.L. / Schweizer, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / van Bergen, J. / Drijfhout, J.W. / Kan, W.T. / La Gruta, N.L. / Anderson, R.P. / Reid, H.H. / Koning, F. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Data collection
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42015年4月22日Group: Database references
改定 1.52020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T-cell receptor, s2, alpha chain
F: T-cell receptor, s2, beta chain
G: T-cell receptor, s2, alpha chain
H: T-cell receptor, s2, beta chain
I: deamidated Gliadin-alpha1 peptide
J: deamidated Gliadin-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,92014
ポリマ－195,39810
非ポリマー5234
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
G: T-cell receptor, s2, alpha chain
H: T-cell receptor, s2, beta chain
J: deamidated Gliadin-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9607
ポリマ－97,6995
非ポリマー2612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T-cell receptor, s2, alpha chain
F: T-cell receptor, s2, beta chain
I: deamidated Gliadin-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9607
ポリマ－97,6995
非ポリマー2612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.027, 142.239, 101.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21517.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / MHC class II antigen


分子量: 24361.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5Y7D3

-
T-cell receptor, s2, ... , 2種, 4分子 EGFH

#3: タンパク質 T-cell receptor, s2, alpha chain


分子量: 22915.309 Da / 分子数: 2 / Mutation: T174C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2YD82*PLUS
#4: タンパク質 T-cell receptor, s2, beta chain


分子量: 27447.760 Da / 分子数: 2 / Mutation: C202A, S184C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 6分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド deamidated Gliadin-alpha1 peptide


分子量: 1456.596 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q6E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04722*PLUS
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The authors state that there are mutations T174C in T-cell receptor, s2, alpha chain, S184C and ...The authors state that there are mutations T174C in T-cell receptor, s2, alpha chain, S184C and C202A in T-cell receptor, s2, beta chain, Q6E in deamidated Gliadin-alpha1 peptide.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione
PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→46.85 Å / Num. obs: 49219 / % possible obs: 96.06 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 61.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1593 / Net I/σ(I): 4.24

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.2→46.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8238 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7865 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.344 / SU Rfree Blow DPI: 0.385
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 2543 5.17 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
obs0.2141 49219 96.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0495 Å20 Å2-4.8438 Å2
2--12.7696 Å20 Å2
3----8.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.583 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→46.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12819 0 30 0 12849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00913203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9718023HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5892SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes328HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1911HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13203HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1738SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13561SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 180 4.9 %
Rwork0.2323 3493 -
all0.2346 3673 -
obs--96.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38310.32370.47283.37620.51354.49320.03460.203-0.1052-0.1069-0.22080.11090.250.16610.18620.28320.02510.0781-0.23460.0104-0.0616238.7883-27.8551118.7705
21.7754-0.16961.8252.7966-0.312.7466-0.0073-0.0811-0.03170.1215-0.25410.78320.1937-0.41740.26150.1182-0.07040.1578-0.1588-0.1556-0.0133223.8974-20.4165123.2848
32.5207-0.073-0.95852.66950.00822.82330.1788-0.03560.03220.3492-0.2170.07-0.1752-0.02770.03820.2852-0.01610.001-0.1889-0.0097-0.1327238.810925.1505112.0592
44.0471.4855-1.56133.0318-0.71221.74590.01680.42750.0245-0.1247-0.05550.4549-0.1157-0.26930.03870.21490.1431-0.1745-0.136-0.1013-0.2196230.162816.406899.9979
53.0238-0.2526-1.36791.2604-0.01411.5911-0.0380.0243-0.085-0.2168-0.0027-0.1876-0.0189-0.0040.04070.3817-0.0127-0.0172-0.2239-0.02130.0472285.00967.942379.1706
62.3706-0.085-1.08771.71970.21280.312-0.0962-0.30780.23160.11260.1029-0.360.01870.0926-0.00670.2795-0.0274-0.0838-0.09270.06720.0185291.544521.809291.9124
71.0223-0.18512.01081.4690.35065.5621-0.1101-0.0291-0.10150.05140.0888-0.11550.0057-0.03260.02120.30140.04020.0904-0.21750.0377-0.0309250.9842-10.3266174.1627
80.8895-0.44841.41261.09780.44522.8210.08560.3164-0.2057-0.00610.0337-0.4260.20520.3981-0.11940.27280.0101-0.0694-0.16360.15010.0823265.1739-23.3983169.1605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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