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- PDB-5ts1: Crystal structure of MHC-I H2-KD complexed with peptides of Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ts1
タイトルCrystal structure of MHC-I H2-KD complexed with peptides of Mycobacterial tuberculosis (YYQSGLSIV)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
  • Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAJOR HISTOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I / MHC-I / H2-Kd / H-2Kd / Mycobacterial tuberculosis / TB peptide / Mtb85B / Mtb85A / Mkan85B / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / regulation of growth rate / positive regulation of plasminogen activation / response to host immune response / zymogen binding / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / regulation of growth rate / positive regulation of plasminogen activation / response to host immune response / zymogen binding / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / fibronectin binding / : / : / peptidoglycan-based cell wall / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / response to antibiotic / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Esterase-like / Putative esterase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / Esterase-like / Putative esterase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / Beta-2-microglobulin / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.
引用ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2019
タイトル: MHC-restricted Ag85B-specific CD8+T cells are enhanced by recombinant BCG prime and DNA boost immunization in mice.
著者: Komine-Aizawa, S. / Jiang, J. / Mizuno, S. / Hayakawa, S. / Matsuo, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H. / Honda, M.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年2月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / refine_hist
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine_hist.d_res_low
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
R: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
S: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,03221
ポリマ－180,29312
非ポリマー7399
水8,503472
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3206
ポリマ－45,0733
非ポリマー2463
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2906
ポリマ－45,0733
非ポリマー2163
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
3
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
R: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1654
ポリマ－45,0733
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
S: Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2575
ポリマ－45,0733
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.302, 88.960, 109.947
Angle α, β, γ (deg.)89.97, 93.83, 90.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / H-2K(D)


分子量: 32164.770 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / プラスミド: PET21-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01902
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 PQRS

#3: タンパク質・ペプチド
Peptide (P9) of Mtb85B (Mycobacterium tuberculosis) YYQSGLSIV / DGAT / 30 kDa extracellular protein / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex ...DGAT / 30 kDa extracellular protein / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex B / Ag85B / Extracellular alpha-antigen / Fibronectin-binding protein B / Fbps B


分子量: 1029.145 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 101-109 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P9WQP1

-
非ポリマー , 3種, 481分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.1M MES buffer, 5% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月24日
放射モノクロメーター: SI 100 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.2 Å / Num. obs: 78047 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.232 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.488 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→47.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 3975 5.09 %
Rwork0.1868 --
obs0.1893 78047 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 21.6 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12626 0 48 472 13146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20117720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4197651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33970.31991950.24493696X-RAY DIFFRACTION92
2.3397-2.38220.30151920.23673658X-RAY DIFFRACTION93
2.3822-2.42810.29581930.22123661X-RAY DIFFRACTION92
2.4281-2.47760.29391970.23413731X-RAY DIFFRACTION93
2.4776-2.53150.26861930.21383668X-RAY DIFFRACTION93
2.5315-2.59040.24111940.21373688X-RAY DIFFRACTION93
2.5904-2.65520.27011950.21123720X-RAY DIFFRACTION93
2.6552-2.72690.25611940.20223673X-RAY DIFFRACTION93
2.7269-2.80720.26321950.2023717X-RAY DIFFRACTION93
2.8072-2.89780.22831930.19283662X-RAY DIFFRACTION93
2.8978-3.00130.23271970.19673732X-RAY DIFFRACTION93
3.0013-3.12150.24381960.18513728X-RAY DIFFRACTION93
3.1215-3.26350.21811940.1843697X-RAY DIFFRACTION93
3.2635-3.43550.20221960.17763725X-RAY DIFFRACTION94
3.4355-3.65070.19481960.17443722X-RAY DIFFRACTION94
3.6507-3.93240.1981970.1683745X-RAY DIFFRACTION94
3.9324-4.32790.19081960.15083714X-RAY DIFFRACTION94
4.3279-4.95350.17841950.14443708X-RAY DIFFRACTION94
4.9535-6.23860.17811970.17023745X-RAY DIFFRACTION94
6.2386-46.7080.25311980.22853749X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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