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- PDB-1w72: Crystal structure of HLA-A1:MAGE-A1 in complex with Fab-Hyb3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w72
タイトルCrystal structure of HLA-A1:MAGE-A1 in complex with Fab-Hyb3
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
  • HYB3 HEAVY CHAIN
  • HYB3 LIGHT CHAIN
  • MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA/FAB FRAGMENT / HUMAN LEUCOCYTE ANTIGEN / PEPTIDE-SPECIFIC FAB / TCR-LIKE BINDING / MHC-I
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of Notch signaling pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / histone deacetylase binding / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen ...Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Melanoma-associated antigen 1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hulsmeyer, M. / Chames, P. / Hillig, R.C. / Stanfield, R.L. / Held, G. / Coulie, P.G. / Alings, C. / Wille, G. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. ...Hulsmeyer, M. / Chames, P. / Hillig, R.C. / Stanfield, R.L. / Held, G. / Coulie, P.G. / Alings, C. / Wille, G. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Hoogenboom, H.R. / Ziegler, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A Major Histocompatibility Complex.Peptide- Restricted Antibody and T Cell Receptor Molecules Recognize Their Target by Distinct Binding Modes: Crystal Structure of Human Leukocyte ...タイトル: A Major Histocompatibility Complex.Peptide- Restricted Antibody and T Cell Receptor Molecules Recognize Their Target by Distinct Binding Modes: Crystal Structure of Human Leukocyte Antigen (Hla)-A1.Mage-A1 in Complex with Fab-Hyb3
著者: Hulsmeyer, M. / Chames, P. / Hillig, R.C. / Stanfield, R.L. / Held, G. / Coulie, P.G. / Alings, C. / Wille, G. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Hoogenboom, H.R. / Ziegler, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Direct Selection of a Human Antibody Fragment Directed Against the Tumor T-Cell Epitope Hla-A1- Mage-A1 from a Nonimmunized Phage-Fab Library
著者: Chames, P. / Hufton, S.E. / Coulie, P.G. / Uchanska-Ziegler, B. / Hoogenboom, H.R.
#2: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2002
タイトル: Tcr-Like Human Antibodies Expressed on Human Ctls Mediate Antibody Affinity-Dependent Cytolytic Activity
著者: Chames, P. / Willemsen, R.A. / Rojas, G. / Dieckmann, D. / Rem, L. / Schuler, G. / Bolhuis, R.L. / Hoogenboom, H.R.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1
H: HYB3 HEAVY CHAIN
I: HYB3 HEAVY CHAIN
L: HYB3 LIGHT CHAIN
M: HYB3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,09414
ポリマ－181,72610
非ポリマー3684
水11,764653
1
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1
H: HYB3 HEAVY CHAIN
L: HYB3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0477
ポリマ－90,8635
非ポリマー1842
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-51.4 kcal/mol
Surface area43900 Å2
手法PISA
2
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1
I: HYB3 HEAVY CHAIN
M: HYB3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0477
ポリマ－90,8635
非ポリマー1842
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-57.9 kcal/mol
Surface area44100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.359, 50.050, 136.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細SUBUNIT: DIMER OF ALPHA CHAIN AND A BETA CHAIN(BETA-2-MICROGLOBULIN).

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / HUMAN LYMPHOCYTE ANTIGEN HLA-A1 / A-1 ALPHA CHAIN PRECURSOR MHC CLASS I ANTIGEN A*1


分子量: 31636.955 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / HDCMA22P


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1 / MAGE-A1 / MAGE-1 ANTIGEN / ANTIGEN MZ2-E


分子量: 976.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P43355

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#4: 抗体 HYB3 HEAVY CHAIN


分子量: 23845.672 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#5: 抗体 HYB3 LIGHT CHAIN


分子量: 22523.867 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, RESIDUES 1-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 657分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細INVOLVED IN THE PRESENTATION OF FOREIGN ANTIGENS TO THE IMMUNE SYSTEM. BETA-2-MICROGLOBULIN IS THE ...INVOLVED IN THE PRESENTATION OF FOREIGN ANTIGENS TO THE IMMUNE SYSTEM. BETA-2-MICROGLOBULIN IS THE BETA-CHAIN OF MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULES.
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL MET IS A CLONING ARTIFACT FRAGMENT. THE NUMBERING IN CHAINS L,M,H AND I FOLLOW THE ...N-TERMINAL MET IS A CLONING ARTIFACT FRAGMENT. THE NUMBERING IN CHAINS L,M,H AND I FOLLOW THE STANDARD KABAT NUMBERING SCHEME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
解説: A DATABASE OF 125 ANTIBODIES WAS USED AS SEARCH MODELS
結晶化pH: 6.5 / 詳細: MES PH 6.5, NACL 600MM, 19% PEG3350, 80MM DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 78453 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DUZ, 7FAB, 2GFB, 2FB4

1duz

7fab

2gfb

2fb4


解像度: 2.15→120 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 12.789 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3961 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.186 74477 89.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.79 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→120 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12794 0 24 653 13471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02113168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.92417902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.819326408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.48251612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.51823.571616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.947152056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1691590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.22257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.211286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.0850.27349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.27349
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.094210390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.374313091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03646071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.90864811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 285
Rwork0.219 5293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89680.69891.15791.52961.71033.0695-0.0564-0.09310.0705-0.0016-0.0187-0.01050.00050.0150.075-0.0713-0.00140.07740.06510.02380.096518.26427.671111.398
21.5266-0.0979-0.16621.40030.32384.1982-0.1046-0.163-0.0060.16630.20170.0960.0246-0.0301-0.09710.01850.06190.04820.28940.05950.123261.812-0.06472.029
38.02750.0557-3.49721.1781-0.39861.6425-0.15680.1484-0.2169-0.28030.0124-0.23110.1311-0.00980.14440.0207-0.02460.04750.1852-0.03440.206553.92932.805113.272
47.9989-1.30050.49332.0283-0.03612.03530.1210.2373-0.5892-0.2546-0.10460.0760.40670.1302-0.01640.1880.06450.11380.1822-0.04070.112329.4084.11387.385
55.8782-0.69072.97562.19280.09023.6860.0732-0.1688-0.46280.19050.0111-0.34080.31210.2408-0.08430.02770.02090.04180.13970.0460.266441.62614.388117.435
63.1443-1.6182-2.0945.49550.9794.56170.28050.27270.49050.1499-0.05230.475-0.6592-0.4409-0.22820.17580.10880.14410.42780.11810.334643.07519.38677.113
74.44120.03910.74631.21710.06591.26450.0073-0.01540.1555-0.06070.06230.0705-0.0491-0.0792-0.0695-0.0443-0.0270.0565-0.04620.01030.1355-11.19121.739109.365
82.97612.2409-0.10325.1361-0.09232.41780.07810.0354-0.27030.03810.015-0.11360.32820.0578-0.0931-0.0034-0.040.02270.0113-0.04450.1251-4.4420.86106.608
92.29510.5005-0.23924.5345-1.68215.21710.0094-0.3537-0.09120.5761-0.0129-0.01350.1345-0.00580.00350.09830.00980.01870.18760.02170.2805-36.45310.186120.55
104.0554-1.03160.4963.13840.2681.26590.05990.0520.2680.1127-0.1494-0.11320.0904-0.05210.08950.0241-0.02530.07630.13340.05960.2928-42.363-3.033112.442
112.6554-0.934-1.12281.5390.52881.802-0.1022-0.2904-0.08340.11290.1466-0.22380.01370.0601-0.04440.0567-0.01360.020.18090.03540.084787.831-4.53658.066
123.12141.9163-0.70863.3958-0.98392.1393-0.0725-0.12950.1365-0.0635-0.0358-0.0255-0.1193-0.04860.10820.03140.02440.02620.0819-0.05390.070182.56612.82245.832
132.78411.47392.18944.46992.60443.57050.2144-0.3875-0.1020.3552-0.1938-0.21520.03880.1633-0.02060.0783-0.06110.04630.2812-0.01610.1342117.856-0.14349.731
145.2737-1.46191.04332.7193-0.07442.4352-0.16480.03580.1415-0.07620.024-0.1617-0.14140.09060.1408-0.006-0.06730.01690.2029-0.05210.1358119.6127.52835.132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2D1 - 180
4X-RAY DIFFRACTION2F1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION3A181 - 274
6X-RAY DIFFRACTION4D181 - 274
7X-RAY DIFFRACTION5B1 - 99
8X-RAY DIFFRACTION6E1 - 99
9X-RAY DIFFRACTION7H1 - 123
10X-RAY DIFFRACTION8L1 - 109
11X-RAY DIFFRACTION9H124 - 222
12X-RAY DIFFRACTION10L110 - 210
13X-RAY DIFFRACTION11I1 - 123
14X-RAY DIFFRACTION12M1 - 109
15X-RAY DIFFRACTION13I124 - 222
16X-RAY DIFFRACTION14M110 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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