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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ikx | ||||||
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タイトル | K103N Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with the Inhibitor PNU142721 | ||||||
![]() | (POL POLYPROTEIN) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Heterodimer / protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lindberg, J. / Unge, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibitory efficacy of efavirenz (DMP-266), MSC194 and PNU142721 towards the HIV-1 RT K103N mutant. 著者: Lindberg, J. / Sigurdsson, S. / Lowgren, S. / Andersson, H.O. / Sahlberg, C. / Noreen, R. / Fridborg, K. / Zhang, H. / Unge, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 758.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a heterodimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64500.965 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, E478Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: BH10 / プラスミド: PETd / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49912.344 Da / 分子数: 1 / 変異: K1103N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: BH10 / プラスミド: PETd / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PNU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 270 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月12日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→23.63 Å / Num. all: 40488 / Num. obs: 32921 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 90.2 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→23.63 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / % possible all: 92.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 289120 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 92.3 % / Num. unique obs: 3306 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.92 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→23.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 54.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.295 |