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- PDB-2x4m: Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4m
タイトルYersinia Pestis Plasminogen Activator Pla
要素COAGULASE/FIBRINOLYSIN
キーワードHYDROLASE / OMPTIN / TRANSMEMBRANE / ASPARTYL PROTEASE / CELL OUTER MEMBRANE / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


plasminogen activator Pla / cell outer membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
OMPT-like / Aspartyl proteases, omptin family signature 2. / Peptidase A26, omptin / Peptidase A26, omptin, conserved site / : / Omptin family / Aspartyl proteases, omptin family signature 1. / Outer membrane adhesin/peptidase omptin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PESTIS (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Eren, E. / Murphy, M. / Goguen, J. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: An Active Site Water Network in the Plasminogen Activator Pla from Yersinia Pestis
著者: Eren, E. / Murphy, M. / Goguen, J. / van den Berg, B.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DB IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
B: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
C: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
D: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,31541
ポリマ－131,8164
非ポリマー6,50037
水2,162120
1
A: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,96611
ポリマ－32,9541
非ポリマー2,01310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3549
ポリマ－32,9541
非ポリマー1,4008
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,45010
ポリマ－32,9541
非ポリマー1,4969
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,54611
ポリマ－32,9541
非ポリマー1,59210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.913, 127.824, 107.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 15:20 OR RESSEQ 23:32 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 15:20 OR RESSEQ 23:32 OR RESSEQ...
311CHAIN C AND (RESSEQ 15:20 OR RESSEQ 23:32 OR RESSEQ...
411CHAIN D AND (RESSEQ 15:20 OR RESSEQ 23:32 OR RESSEQ...

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要素

#1: タンパク質
COAGULASE/FIBRINOLYSIN / PLA / PLASMINOGEN ACTIVATOR


分子量: 32953.934 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: PB22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P17811, plasminogen activator Pla
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 106 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 106 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 106 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 106 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 106 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 106 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.5 / 詳細: 16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.321
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 56736 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→19.93 Å / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 36.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1979 3.5 %
Rwork0.185 --
obs0.186 56736 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.03 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.574 Å20 Å21.1632 Å2
2--4.3517 Å20 Å2
3---11.5647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9114 0 248 120 9482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26712916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.53268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041661
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
13C1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
14D1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5502-2.6190.29741080.30233201X-RAY DIFFRACTION68
2.619-2.69590.35021270.28633563X-RAY DIFFRACTION76
2.6959-2.78270.29251340.27513845X-RAY DIFFRACTION82
2.7827-2.88180.31181330.26934089X-RAY DIFFRACTION88
2.8818-2.99680.31951490.24354233X-RAY DIFFRACTION91
2.9968-3.13260.28391550.22764342X-RAY DIFFRACTION92
3.1326-3.2970.2561530.20374394X-RAY DIFFRACTION93
3.297-3.50240.26191550.18394417X-RAY DIFFRACTION94
3.5024-3.77090.22041540.16934455X-RAY DIFFRACTION95
3.7709-4.14690.22541580.16694506X-RAY DIFFRACTION96
4.1469-4.7390.20091640.13454564X-RAY DIFFRACTION96
4.739-5.94090.21491580.15334562X-RAY DIFFRACTION97
5.9409-19.1490.26571630.17544627X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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