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- PDB-1i78: CRYSTAL STRUCTURE OF OUTER MEMBRANE PROTEASE OMPT FROM ESCHERICHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i78
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OUTER MEMBRANE PROTEASE OMPT FROM ESCHERICHIA COLI
要素PROTEASE VII
キーワードHYDROLASE / integral outer membrane protein / protease / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


omptin / cell outer membrane / endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
OMPT-like / Aspartyl proteases, omptin family signature 2. / Peptidase A26, omptin / Peptidase A26, omptin, conserved site / : / Omptin family / Aspartyl proteases, omptin family signature 1. / Outer membrane adhesin/peptidase omptin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vandeputte-Rutten, L. / Kramer, R.A. / Kroon, J. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Gros, P.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the outer membrane protease OmpT from Escherichia coli suggests a novel catalytic site.
著者: Vandeputte-Rutten, L. / Kramer, R.A. / Kroon, J. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Gros, P.
履歴
登録2001年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE VII
B: PROTEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3978
ポリマ－66,9912
非ポリマー1,4066
水52229
1
A: PROTEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3175
ポリマ－33,4961
非ポリマー8214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0803
ポリマ－33,4961
非ポリマー5852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
4
B: PROTEASE VII
ヘテロ分子

A: PROTEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3978
ポリマ－66,9912
非ポリマー1,4066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+1/31
Buried area3260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.389, 98.389, 165.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細OmpT is active as a monomer. The assymetric unit contains two monomers.

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE VII / OMPT / OMPTIN / OUTER MEMBRANE PROTEIN 3B


分子量: 33495.594 Da / 分子数: 2 / 変異: S99A,G216K,K217G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: OMPT / プラスミド: PRAK11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09169, EC: 3.4.21.87
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.3 M sodium citrate PH 5.5, 1% (w/v) octyl-beta-D-glucopyranoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 %(w/v)octyl-beta-D-glucopyranoside11
230 %(v/v)MPD11
30.3 Msodium citrate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9322 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月9日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 29075 / Num. obs: 27400 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.59 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 1.57 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2766 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 43471
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.69 Å / % possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 2766 / Num. measured obs: 4352

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1407 -RANDOM
Rwork0.238 ---
all-27389 --
obs-27389 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.02 Å20.04 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4609 0 96 29 4734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 270 -
Rwork0.318 --
obs-4314 96.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.238 / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 53 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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