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- PDB-1zs8: Crystal Structure of the Murine MHC Class Ib Molecule M10.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zs8
タイトルCrystal Structure of the Murine MHC Class Ib Molecule M10.5
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • histocompatibility 2, M region locus 10.5
キーワードIMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex / MHC / vomeronasal organ / VNO / V2R receptors / pheromone receptors / beta-2-microglobulin / peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class Ib M10.5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Olson, R. / Huey-Tubman, K.E. / Dulac, C. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of a pheromone receptor-associated MHC molecule with an open and empty groove.
著者: Olson, R. / Huey-Tubman, K.E. / Dulac, C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2005年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histocompatibility 2, M region locus 10.5
B: Beta-2-microglobulin
C: histocompatibility 2, M region locus 10.5
D: Beta-2-microglobulin
E: histocompatibility 2, M region locus 10.5
F: Beta-2-microglobulin
G: histocompatibility 2, M region locus 10.5
H: Beta-2-microglobulin
I: histocompatibility 2, M region locus 10.5
J: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,95415
ポリマ－215,84710
非ポリマー1,1065
水00
1
A: histocompatibility 2, M region locus 10.5
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3913
ポリマ－43,1692
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
2
C: histocompatibility 2, M region locus 10.5
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3913
ポリマ－43,1692
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
3
E: histocompatibility 2, M region locus 10.5
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3913
ポリマ－43,1692
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
4
G: histocompatibility 2, M region locus 10.5
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3913
ポリマ－43,1692
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
5
I: histocompatibility 2, M region locus 10.5
J: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3913
ポリマ－43,1692
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
6
G: histocompatibility 2, M region locus 10.5
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

E: histocompatibility 2, M region locus 10.5
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

C: histocompatibility 2, M region locus 10.5
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

A: histocompatibility 2, M region locus 10.5
B: Beta-2-microglobulin
I: histocompatibility 2, M region locus 10.5
J: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,95415
ポリマ－215,84710
非ポリマー1,1065
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area83210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.110, 134.710, 149.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly consists of chains A and B. To generate the asymmetric unit, the following transformations are required: MTRIX1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 MTRIX2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 MTRIX1 2 0.983930 -0.015240 -0.177890 21.04371 MTRIX2 2 0.157760 -0.392300 0.906210 15.20531 MTRIX3 2 -0.083600 -0.919710 -0.383590 123.20857 MTRIX1 3 -0.995850 0.007030 0.090700 21.34146 MTRIX2 3 0.050020 -0.790450 0.610480 41.21530 MTRIX3 3 0.075980 0.612480 0.786820 -23.46491 MTRIX1 4 -0.990940 -0.026570 0.131680 6.34136 MTRIX2 4 -0.118920 -0.282390 -0.951900 47.17054 MTRIX3 4 0.062480 -0.958930 0.276670 112.45370 MTRIX1 5 0.986590 0.035450 -0.159320 33.74422 MTRIX2 5 -0.062000 -0.821580 -0.566710 38.04500 MTRIX3 5 -0.150980 0.568990 -0.808360 91.82664

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要素

#1: タンパク質
histocompatibility 2, M region locus 10.5


分子量: 31421.334 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: M10.5 / プラスミド: pACUW31 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tn5 / 参照: GenBank: 29244030, UniProt: Q860W6*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pACUW31 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tn5 / 参照: UniProt: P61769
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole, 20% PEG 1000, 0.2 M calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 12.3.111.11587
シンクロトロンSSRL BL9-221.00879
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年4月3日double crystal monochromator
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年4月27日double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.008791
反射解像度: 3→99 Å / Num. all: 46977 / Num. obs: 46977 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 76.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible obs: 64.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 3287 / Num. unique all: 3287 / Rsym value: 0.535 / Χ2: 0.814 / % possible all: 64.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K8D (confirmed with 3FRU)

1k8d

3fru


解像度: 3→56.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2322336.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 2355 5 %Thin shell method
Rwork0.307 ---
all0.307 46898 --
obs0.307 46898 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 98.338 Å2 / ksol: 0.424 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---3.09 Å20 Å2
3---2.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.55 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→56.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13665 0 70 0 13735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 314 4.8 %
Rwork0.438 6168 -
obs-6320 77.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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