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万見
- PDB-2vrk: Structure of a seleno-methionyl derivative of wild type arabinofu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vrk
タイトルStructure of a seleno-methionyl derivative of wild type arabinofuranosidase from Thermobacillus xylanilyticus
要素ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like ...Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOBACILLUS XYLANILYTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Paes, G. / Skov, L.K. / ODonohue, M.J. / Remond, C. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Mirza, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The Structure of the Complex between a Branched Pentasaccharide and Thermobacillus Xylanilyticus Gh-51 Arabinofuranosidase Reveals Xylan-Binding Determinants and Induced Fit.
著者: Paes, G. / Skov, L.K. / O'Donohue, M.J. / Remond, C. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Mirza, O.
履歴
登録2008年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB", "BB", "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB", "BB", "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
B: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
C: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,1847
ポリマ－170,8043
非ポリマー3804
水21,3841187
1
A: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0302
ポリマ－56,9351
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1253
ポリマ－56,9351
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0302
ポリマ－56,9351
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.000, 158.000, 380.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2258-

HOH

21B-2316-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.2539, -0.07224, 0.9645), (0.9322, -0.2476, -0.2639), (0.2579, 0.9662, 0.004469)-38.97, -93.96, 113.7
2given(0.2557, 0.9323, 0.2559), (-0.05998, -0.2489, 0.9667), (0.9649, -0.2625, -0.007726)68.15, -136.4, 2.9

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE / ARABINOFURANOSIDASE


分子量: 56934.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOBACILLUS XYLANILYTICUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O69262, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9789
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.47 Å / Num. obs: 188045 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 37.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→39.5 Å / SU ML: 0.24 / 位相誤差: 15.03 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE FIRST 3 RESIDUES WERE NOT MODELED DUE TO POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1415 1 %
Rwork0.165 --
obs0.166 141193 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.19 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0642 Å20 Å20 Å2
2--2.0642 Å20 Å2
3----4.1284 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11790 0 20 1187 12997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10216476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2454332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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