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- PDB-2ak4: Crystal Structure of SB27 TCR in complex with HLA-B*3508-13mer peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ak4
タイトルCrystal Structure of SB27 TCR in complex with HLA-B*3508-13mer peptide
要素
  • (SB27 T cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
  • HLA-B35 variant
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / bulged epitopes / pMHC-TCR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / protein dimerization activity / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / DNA-binding transcription factor activity / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Lytic switch protein BZLF1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tynan, F.E. / Burrows, S.R. / Buckle, A.M. / Clements, C.S. / Borg, N.A. / Miles, J.J. / Beddoe, T. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Silins, S.L. ...Tynan, F.E. / Burrows, S.R. / Buckle, A.M. / Clements, C.S. / Borg, N.A. / Miles, J.J. / Beddoe, T. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Silins, S.L. / Burrows, J.M. / Kjer-Nielsen, L. / Konstenko, L. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2005
タイトル: T cell receptor recognition of a 'super-bulged' major histocompatibility complex class I-bound peptide
著者: Tynan, F.E. / Burrows, S.R. / Buckle, A.M. / Clements, C.S. / Borg, N.A. / Miles, J.J. / Beddoe, T. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Silins, S.L. / Burrows, J.M. / Kjer-Nielsen, L. / ...著者: Tynan, F.E. / Burrows, S.R. / Buckle, A.M. / Clements, C.S. / Borg, N.A. / Miles, J.J. / Beddoe, T. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Silins, S.L. / Burrows, J.M. / Kjer-Nielsen, L. / Kostenko, L. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA-B35 variant
B: Beta-2-microglobulin
C: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
D: SB27 T cell receptor alpha chain
E: SB27 T cell receptor beta chain
F: HLA-B35 variant
G: Beta-2-microglobulin
H: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
I: SB27 T cell receptor alpha chain
J: SB27 T cell receptor beta chain
K: HLA-B35 variant
L: Beta-2-microglobulin
M: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
N: SB27 T cell receptor alpha chain
P: SB27 T cell receptor beta chain
Q: HLA-B35 variant
R: Beta-2-microglobulin
S: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
T: SB27 T cell receptor alpha chain
U: SB27 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,02942
ポリマ－387,23720
非ポリマー2,79222
水4,306239
1
A: HLA-B35 variant
B: Beta-2-microglobulin
C: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
D: SB27 T cell receptor alpha chain
E: SB27 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,69812
ポリマ－96,8095
非ポリマー8887
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA-B35 variant
G: Beta-2-microglobulin
H: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
I: SB27 T cell receptor alpha chain
J: SB27 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,69812
ポリマ－96,8095
非ポリマー8887
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: HLA-B35 variant
L: Beta-2-microglobulin
M: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
N: SB27 T cell receptor alpha chain
P: SB27 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3179
ポリマ－96,8095
非ポリマー5084
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
Q: HLA-B35 variant
R: Beta-2-microglobulin
S: EBV peptide LPEPLPQGQLTAY
T: SB27 T cell receptor alpha chain
U: SB27 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3179
ポリマ－96,8095
非ポリマー5084
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.154, 213.282, 122.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
31K
41Q
51A
61F
71K
81Q
91A
101F
111K
121Q
131A
141F
151K
161Q
171A
181F
191K
201Q
12B
22G
32L
42R
13D
23I
33N
43T
53D
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73N
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93D
103I
113N
123T
133D
143I
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163T
173D
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193N
203T
14D
24I
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84T
94D
104I
114N
124T
15E
25J
35P
45U
55E
65J
75P
85U
95E
105J
115P
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135E
145J
155P
165U
16C
26H
36M
46S
17E
27J
37P
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57E
67J
77P
87U
97E
107J
117P
127U

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISALAALAAA3 - 403 - 40
211HISHISALAALAFF3 - 403 - 40
311HISHISALAALAKK3 - 403 - 40
411HISHISALAALAQP3 - 403 - 40
521PROPROCYSCYSAA43 - 10143 - 101
621PROPROCYSCYSFF43 - 10143 - 101
721PROPROCYSCYSKK43 - 10143 - 101
821PROPROCYSCYSQP43 - 10143 - 101
931ARGARGGLNGLNAA111 - 144111 - 144
1031ARGARGGLNGLNFF111 - 144111 - 144
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1341LYSLYSHISHISAA146 - 192146 - 192
1441LYSLYSHISHISFF146 - 192146 - 192
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1641LYSLYSHISHISQP146 - 192146 - 192
1751GLUGLUGLYGLYAA198 - 265198 - 265
1851GLUGLUGLYGLYFF198 - 265198 - 265
1951GLUGLUGLYGLYKK198 - 265198 - 265
2051GLUGLUGLYGLYQP198 - 265198 - 265
112ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
212ILEILEMETMETGG1 - 991 - 99
312ILEILEMETMETLL1 - 991 - 99
412ILEILEMETMETRQ1 - 991 - 99
113GLNGLNVALVALDD1 - 234 - 26
213GLNGLNVALVALII1 - 234 - 26
313GLNGLNVALVALNN1 - 234 - 26
413GLNGLNVALVALTS1 - 234 - 26
523LEULEUARGARGDD32 - 4836 - 52
623LEULEUARGARGII32 - 4836 - 52
723LEULEUARGARGNN32 - 4836 - 52
823LEULEUARGARGTS32 - 4836 - 52
933ARGARGLEULEUDD61 - 9265 - 96
1033ARGARGLEULEUII61 - 9265 - 96
1133ARGARGLEULEUNN61 - 9265 - 96
1233ARGARGLEULEUTS61 - 9265 - 96
1343ILEILETHRTHRDD105 - 110106 - 111
1443ILEILETHRTHRII105 - 110106 - 111
1543ILEILETHRTHRNN105 - 110106 - 111
1643ILEILETHRTHRTS105 - 110106 - 111
1753LEULEUPROPRODD112 - 116113 - 117
1853LEULEUPROPROII112 - 116113 - 117
1953LEULEUPROPRONN112 - 116113 - 117
2053LEULEUPROPROTS112 - 116113 - 117
114ASNASNGLNGLNDD117 - 127118 - 128
214ASNASNGLNGLNII117 - 127118 - 128
314ASNASNGLNGLNNN117 - 127118 - 128
414ASNASNGLNGLNTS117 - 127118 - 128
524CYSCYSASPASPDD139 - 155140 - 156
624CYSCYSASPASPII139 - 155140 - 156
724CYSCYSASPASPNN139 - 155140 - 156
824CYSCYSASPASPTS139 - 155140 - 156
934VALVALSERSERDD158 - 206159 - 207
1034VALVALSERSERII158 - 206159 - 207
1134VALVALSERSERNN158 - 206159 - 207
1234VALVALSERSERTS158 - 206159 - 207
115GLYGLYALAALAEE3 - 245 - 26
215GLYGLYALAALAJJ3 - 245 - 26
315GLYGLYALAALAPO3 - 245 - 26
415GLYGLYALAALAUT3 - 245 - 26
525TYRTYRTYRTYREE33 - 4835 - 50
625TYRTYRTYRTYRJJ33 - 4835 - 50
725TYRTYRTYRTYRPO33 - 4835 - 50
825TYRTYRTYRTYRUT33 - 4835 - 50
935THRTHRSERSEREE55 - 9457 - 95
1035THRTHRSERSERJJ55 - 9457 - 95
1135THRTHRSERSERPO55 - 9457 - 95
1235THRTHRSERSERUT55 - 9457 - 95
1345PHEPHEVALVALEE108 - 116106 - 114
1445PHEPHEVALVALJJ108 - 116106 - 114
1545PHEPHEVALVALPO108 - 116106 - 114
1645PHEPHEVALVALUT108 - 116106 - 114
116LEULEUTYRTYRCC1 - 131 - 13
216LEULEUTYRTYRHH1 - 131 - 13
316LEULEUTYRTYRMM1 - 131 - 13
416LEULEUTYRTYRSR1 - 131 - 13
117THRTHRTHRTHREE117 - 227115 - 225
217THRTHRTHRTHRJJ117 - 227115 - 225
317THRTHRTHRTHRPO117 - 227115 - 225
417THRTHRTHRTHRUT117 - 227115 - 225
527ARGARGGLUGLUEE230 - 241228 - 239
627ARGARGGLUGLUJJ230 - 241228 - 239
727ARGARGGLUGLUPO230 - 241228 - 239
827ARGARGGLUGLUUT230 - 241228 - 239
937GLYGLYASPASPEE244 - 247242 - 245
1037GLYGLYASPASPJJ244 - 247242 - 245
1137GLYGLYASPASPPO244 - 247242 - 245
1237GLYGLYASPASPUT244 - 247242 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 AFKQBGLR

#1: タンパク質
HLA-B35 variant


分子量: 31984.281 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domains, alpha1,2,3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET 30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 297143, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CHMS

#3: タンパク質・ペプチド
EBV peptide LPEPLPQGQLTAY


分子量: 1426.612 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide LPEPLPQGQLTAY / 参照: UniProt: P03206*PLUS

-
SB27 T cell receptor ... , 2種, 8分子 DINTEJPU

#4: タンパク質
SB27 T cell receptor alpha chain


分子量: 24006.436 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質
SB27 T cell receptor beta chain


分子量: 27643.723 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 261分子

#6: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 200mM Potassium Iodide, 16% PEG 3350, 100mM Na Cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 134769 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 25.35 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 4033 3 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.247 ---
obs0.247 133366 95.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.06 Å20 Å20.24 Å2
2--5.54 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26348 0 22 239 26609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02127098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.93236933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36853308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90323.7181361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.331154097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.73215192
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X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0221416
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9921010135
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数RmsタイプWeight
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12F19810.05TIGHT THERMAL0.5
13K19810.05TIGHT THERMAL0.5
14Q19810.05TIGHT THERMAL0.5
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21B7750.04TIGHT THERMAL0.5
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23L7750.04TIGHT THERMAL0.5
24R7750.04TIGHT THERMAL0.5
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31D6580.04TIGHT THERMAL0.5
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41D5520.03TIGHT THERMAL0.5
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43N5520.03TIGHT THERMAL0.5
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LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 293 -
Rwork0.32 9778 -
all-10071 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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