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- PDB-6rp9: Crystal structure of the T-cell receptor NYE_S3 bound to HLA A2*0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rp9
タイトルCrystal structure of the T-cell receptor NYE_S3 bound to HLA A2*01-SLLMWITQV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Cancer/testis antigen 1
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • T-cell receptor alpha chain
  • T-cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / peptide-Human leukocyte antigen complex / NY-ESO-1 / cancer testis antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Coles, C.H. / Mulvaney, R. / Malla, S. / Lloyd, A. / Smith, K. / Chester, F. / Knox, A. / Stacey, A.R. / Dukes, J. / Baston, E. ...Coles, C.H. / Mulvaney, R. / Malla, S. / Lloyd, A. / Smith, K. / Chester, F. / Knox, A. / Stacey, A.R. / Dukes, J. / Baston, E. / Griffin, S. / Vuidepot, A. / Jakobsen, B.K. / Harper, S.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: TCRs with Distinct Specificity Profiles Use Different Binding Modes to Engage an Identical Peptide-HLA Complex.
著者: Coles, C.H. / Mulvaney, R.M. / Malla, S. / Walker, A. / Smith, K.J. / Lloyd, A. / Lowe, K.L. / McCully, M.L. / Martinez Hague, R. / Aleksic, M. / Harper, J. / Paston, S.J. / Donnellan, Z. / ...著者: Coles, C.H. / Mulvaney, R.M. / Malla, S. / Walker, A. / Smith, K.J. / Lloyd, A. / Lowe, K.L. / McCully, M.L. / Martinez Hague, R. / Aleksic, M. / Harper, J. / Paston, S.J. / Donnellan, Z. / Chester, F. / Wiederhold, K. / Robinson, R.A. / Knox, A. / Stacey, A.R. / Dukes, J. / Baston, E. / Griffin, S. / Jakobsen, B.K. / Vuidepot, A. / Harper, S.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Cancer/testis antigen 1
D: T-cell receptor alpha chain
E: T-cell receptor beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Cancer/testis antigen 1
I: T-cell receptor alpha chain
J: T-cell receptor beta chain
K: T-cell receptor alpha chain
L: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,50112
ポリマ－241,50112
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Cancer/testis antigen 1
D: T-cell receptor alpha chain
E: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5185
ポリマ－95,5185
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Cancer/testis antigen 1
I: T-cell receptor alpha chain
J: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5185
ポリマ－95,5185
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: T-cell receptor alpha chain
L: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4662
ポリマ－50,4662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.570, 85.610, 171.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
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NCS oper:
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-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 32082.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Cancer/testis antigen 1 / Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen ...Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen family member 2 / LAGE-2


分子量: 1090.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78358
#4: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 22844.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 27621.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 15 % PEG8k, 0.1 M Tris pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→85.61 Å / Num. obs: 52792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.76 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.99
反射 シェル解像度: 3.12→3.2 Å / 冗長度: 3.97 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 2717 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.567 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia20.5.436-g557f8872-dials-1.7データ削減
xia20.5.436-g557f8872-dials-1.7データスケーリング
PHASERVersion 2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e00 (chains A and B), 3QDJ (chain D) and 5D2N (chain E)

5e00

3qdj

5d2n


解像度: 3.12→68.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 62.726 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25046 2717 4.9 %RANDOM
Rwork0.22349 ---
obs0.22481 52792 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 117.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.55 Å2-0 Å2-2.27 Å2
2---1.37 Å2-0 Å2
3---5.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→68.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16633 0 0 0 16633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
114240medium positional0.180.5
221600medium positional0.130.5
331309medium positional0.10.5
441249medium positional0.240.5
55807medium positional0.120.5
66798medium positional0.290.5
771249medium positional0.240.5
88798medium positional0.290.5
992566medium positional0.20.5
10102566medium positional0.230.5
11111141medium positional0.230.5
12121219medium positional0.190.5
13131141medium positional0.260.5
14142582medium positional0.160.5
114240medium thermal2.822
221600medium thermal3.262
331309medium thermal2.42
441249medium thermal3.042
55807medium thermal3.62
66798medium thermal2.932
771249medium thermal3.062
88798medium thermal1.622
992566medium thermal2.82
10102566medium thermal3.142
11111141medium thermal2.372
12121219medium thermal3.132
13131141medium thermal4.642
14142582medium thermal2.032
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 193 -
Rwork0.369 3877 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33131.22770.61931.9734-0.52192.93350.2076-0.1640.58940.0656-0.02670.5545-0.4076-0.2849-0.18090.08110.01020.02960.1379-0.02560.42835.13833.048271.5446
25.65112.42571.29714.29140.21566.01260.03820.4859-0.4404-0.4332-0.04260.25380.9649-0.36010.00440.2155-0.0481-0.09160.1178-0.04480.453730.7075-15.762370.3928
36.2096-0.09017.58485.46691.766723.240.4853-0.02240.2178-0.0296-0.4117-0.5303-0.6625-0.498-0.07360.2227-0.09780.02280.3048-0.02180.380154.53558.330973.6034
47.40330.2268-1.91962.2384-0.2892.38820.0840.3140.4789-0.24070.1042-0.7635-0.42140.3777-0.18820.2967-0.07810.05240.209-0.00790.617988.210732.202469.9875
55.21571.1644-0.46342.41230.62581.62270.1169-0.18340.3307-0.13760.0517-0.4773-0.0740.4019-0.16860.0364-0.0242-0.04230.1484-0.00260.574492.559713.285268.0313
63.3668-1.39470.83812.025-0.72951.6726-0.3256-0.7520.47320.44820.2701-0.4706-0.333-0.13860.05550.66370.1428-0.28931.1126-0.02030.65631.32187.997620.1681
74.0164-1.24540.44243.2117-0.43363.0343-0.486-1.0953-0.58170.74130.55090.37190.4334-0.2915-0.06490.79940.1444-0.24451.11550.25760.59034.0579-10.601724.5798
84.89292.1756-10.16380.9706-4.53421.2082-0.2686-0.059-0.1426-0.09010.0174-0.06960.5085-0.15910.25120.590.1204-0.17980.8520.06980.4516-11.694912.63835.3299
94.8534-0.99512.46372.0181-0.11252.0826-0.0773-0.37880.59860.0027-0.02490.4038-0.3375-0.25530.10230.74070.0003-0.18580.7763-0.00310.7603-38.561337.5194-13.427
103.3194-0.631.75431.3997-0.59492.6171-0.094-0.39990.03730.02770.00810.0855-0.029-0.14030.08590.5097-0.022-0.23430.6697-0.02080.4315-43.25318.7295-15.9459
113.37780.89582.38832.47610.71295.8646-0.0140.3147-0.2341-0.26050.22170.07310.5013-0.2221-0.20770.4698-0.0062-0.09420.2110.06480.6753-36.867645.159556.4771
123.27371.70021.74822.77590.47262.73090.11230.485-0.1868-0.57210.2452-0.250.25950.0218-0.35750.34010.0351-0.1010.3917-0.02080.5087-33.011958.450941.8696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7G0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 9
9X-RAY DIFFRACTION9I4 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 256
11X-RAY DIFFRACTION11K8 - 218
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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