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- PDB-1tvr: HIV-1 RT/9-CL TIBO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tvr
タイトルHIV-1 RT/9-CL TIBO
要素(REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2
キーワードASPARTYL PROTEASE / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ENDONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / 3HIV-1 RT/9-CL TIBO
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / host multivesicular body / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TB9 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO complexed with wild-type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT drug-resistant mutant.
著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: Drug Des.Discovery / 年: 1996
タイトル: Targeting HIV Reverse Transcriptase for Anti-Aids Drug Design: Structural and Biological Considerations for Chemotherapeutic Strategies
著者: Arnold, E. / Das, K. / Ding, J. / Yadav, P.N. / Hsiou, Y. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms
著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution
著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / al., et
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors
著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase. Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance
著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Arnold, E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1994
タイトル: Buried Surface Analysis of HIV-1 Reverse Transcriptase P66/P51 Heterodimer and its Interaction with DsDNA Template/Primer
著者: Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Lu, X. / Nanni, R.G. / Arnold, E.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA
著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / al., et
履歴
登録1996年4月16日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REVERSE TRANSCRIPTASE
B: REVERSE TRANSCRIPTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5083
ポリマ－114,1862
非ポリマー3221
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area47510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.000, 69.300, 104.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 64274.652 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (CLONE 12) (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: BH10
解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218- ...解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218-1222. REF. P.K.CLARK, ET AL., (1990) AIDS RES. HUM. RETROVIRUSES 6, 753-764.
細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 49911.359 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (CLONE 12) (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: BH10
解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218- ...解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218-1222. REF. P.K.CLARK, ET AL., (1990) AIDS RES. HUM. RETROVIRUSES 6, 753-764.
細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-TB9 / 4-CHLORO-8-METHYL-7-(3-METHYL-BUT-2-ENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-2H-2,7,9A-TRIAZA-BENZO[CD]AZULENE-1-THIONE


分子量: 321.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20ClN3S
構成要素の詳細HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 AND P51, RESPECTIVELY. ...HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 AND P51, RESPECTIVELY. THE POLYMERASE DOMAINS OF BOTH P66 AND P51 CONTAIN OF FOUR SUBDOMAINS, NAMED FINGERS, PALM, THUMB, AND CONNECTION. THE BOUNDARIES OF INDIVIDUAL SUBDOMAINS ARE AS FOLLOWS: FINGERS: 1--84 AND 120--150 PALM: 85--119 AND 151--243 THUMB: 244--322 CONNECTION: 323--437 IN P66 AND 323--427 IN P51.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Clark, A.D., (1995) Methods Enzymol., 262, 171.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
119-20 mg/mlprotein1drop
20.1 %beta-OG1drop
350 mMBis-Tris propane1reservoir
4100 mMammonium sulfate1reservoir
510 %glycerol1reservoir
612 %(w/v)PEG80001reservoir
71.6 %DMSO1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器検出器: CCD / 日付: 1994年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 26209 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 56695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.259 -
obs0.259 21653
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7824 0 0 21 7845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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