+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cym | |||||||||
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Title | HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-iodopyrazole | |||||||||
Components | (HIV-1 reverse transcriptase, ...Reverse transcriptase) x 2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / 4-bromopyrazole / phasing / influenza endonuclease / fragment screening | |||||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Bauman, J.D. / Arnold, E. | |||||||||
Citation | Journal: Iucrj / Year: 2016 Title: Rapid experimental SAD phasing and hot spot identification with halogenated fragments Authors: Bauman, J.D. / Harrison, J.J.E.K. / Arnold, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cym.cif.gz | 591.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cym.ent.gz | 496.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cym.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cym | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63989.238 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K172A, K173A, C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: Protein | Mass: 50039.488 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
-Non-polymers , 7 types, 270 molecules
#3: Chemical | ChemComp-T27 / | ||||||||||
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#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-IOD / #7: Chemical | ChemComp-PYZ / #8: Chemical | ChemComp-DMS / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 50 mM Imidazole pH 6.6, 10% PEG 8k, 5%PEG400, 100 mM A/S, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 5 mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 9, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 144235 / Num. obs: 144235 / % possible obs: 98.39 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→43.168 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→43.168 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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