PDB-5cym: HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-iodopyrazole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cym

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase complexed with 4-iodopyrazole

要素

(HIV-1 reverse transcriptase, ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / 4-bromopyrazole / phasing / influenza endonuclease / fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2016
タイトル: Rapid experimental SAD phasing and hot spot identification with halogenated fragments
著者: Bauman, J.D. / Harrison, J.J.E.K. / Arnold, E.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月27日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cym.cif.gz	591.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cym.ent.gz	496.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cw1C 4giq 5cxr 5cyq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vqq-d 4i2q-d 6x47-d 6x4f-d 3is9-d 4ify-d 6ul5-d 6x4a-d 4i2p-d 4ifv-d 5c25-d 6dug-d 5vqt-d 6x4d-d 4ig0-d 5hbm-d 4ig3-d 6c0o-d 4o4g-d 6duf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit

B: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.842, 73.483, 109.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit / p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit / p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 7種, 270分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / リルピビリン分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物	ChemComp-PYZ / 4-IODOPYRAZOLE / 4-ヨ-ド-1H-ピラゾ-ル分子量: 193.974 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃IN₂
#8: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 50 mM Imidazole pH 6.6, 10% PEG 8k, 5%PEG400, 100 mM A/S, 15 mM MgSO4, 10 mM Spermine, 5 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 144235 / Num. obs: 144235 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1988	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.168 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2291	7334	5.08 %	Random selection
R_work	0.1945	-	-	-
obs	0.1963	144235	98.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7810	0	134	236	8180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	11050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.028	3061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0958-2.1196	0.3158	222	0.2669	4234	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1196-2.1446	0.2833	219	0.2389	4448	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1446-2.1707	0.2641	273	0.2426	4526	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1707-2.1982	0.2836	235	0.2356	4504	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1982-2.2271	0.2856	244	0.2331	4545	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2271-2.2576	0.285	240	0.2308	4407	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2576-2.2899	0.3048	256	0.2253	4637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2899-2.3241	0.2641	251	0.2201	4464	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3241-2.3604	0.2435	281	0.2211	4570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3604-2.3991	0.2515	257	0.2125	4478	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3991-2.4404	0.2504	251	0.2092	4576	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4404-2.4848	0.2567	271	0.2069	4541	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4848-2.5326	0.3209	244	0.2094	4552	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5326-2.5843	0.2498	200	0.2053	4591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5843-2.6405	0.2743	242	0.2169	4614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6405-2.7019	0.275	241	0.2317	4544	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7019-2.7694	0.2571	250	0.2264	4538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7694-2.8443	0.2812	286	0.217	4530	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8443-2.928	0.28	233	0.2178	4681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.928-3.0225	0.2365	236	0.224	4557	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0225-3.1305	0.2439	263	0.2203	4634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1305-3.2558	0.2486	234	0.2212	4601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2558-3.4039	0.2362	223	0.2076	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4039-3.5833	0.2381	270	0.1997	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5833-3.8076	0.1955	221	0.1833	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8076-4.1014	0.2161	201	0.1698	4681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1014-4.5138	0.1747	233	0.1539	4639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5138-5.166	0.1727	203	0.1527	4668	X-RAY DIFFRACTION	100
5.166-6.505	0.2035	293	0.182	4615	X-RAY DIFFRACTION	100
6.505-43.1772	0.2117	261	0.1863	4618	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9928	0.1136	-0.7069	0.9888	0.5597	2.7777	0.1637	-0.2963	-0.0904	0.3509	0.0357	0.1397	0.1815	-0.0766	-0.1712	0.5545	0.0242	-0.0207	0.4365	0.0717	0.3771	48.1074	-17.9078	60.3285
2	6.1693	0.3719	2.3892	1.748	0.0219	2.7786	0.3378	-0.4645	-0.4636	0.3775	0.0232	0.3945	0.2365	-0.4862	-0.3371	0.568	-0.0408	0.0404	0.3852	0.112	0.4639	36.7652	-26.9713	38.2655
3	1.0351	-0.7026	0.8485	2.8503	-1.0365	2.6448	0.0576	-0.1161	-0.1937	0.025	0.1696	0.3772	0.0919	-0.3254	-0.198	0.3457	0.0137	-0.0161	0.3873	-0.0226	0.4328	35.1805	-15.6831	17.3479
4	4.1146	-1.67	1.5543	2.4276	-0.2331	1.0662	-0.2025	-0.4892	-0.2701	0.2309	0.2112	0.1024	0.045	-0.0554	0.0292	0.2328	0.0127	0.0638	0.4146	0.0288	0.3399	12.941	7.1062	6.5625
5	5.1452	3.0607	-0.8995	2.8455	-1.7536	1.5878	0.074	-0.3931	0.6717	0.1422	-0.1058	1.0541	-0.569	-0.1368	-0.0142	0.3452	0.0583	-0.0057	0.5484	-0.0771	0.5177	14.4539	16.9414	4.0356
6	4.9574	-0.9472	1.1167	5.209	0.3259	5.8342	-0.1051	0.042	0.1549	0.3961	-0.0435	-0.08	-0.4145	0.1747	0.0517	0.3884	-0.0527	-0.0412	0.2787	0.052	0.2884	56.2346	1.609	36.8764
7	1.6982	-0.2548	0.6071	4.7288	-1.7098	1.4453	-0.2497	0.4374	0.6623	0.2015	-0.1776	-0.9066	-0.5498	0.591	0.3088	0.6641	-0.2473	-0.1543	0.6034	0.1639	0.7099	63.7284	15.0893	30.6178
8	2.964	0.2294	4.3022	3.8123	-0.0928	7.4862	-0.1139	-0.0862	0.183	0.2983	-0.146	-0.1731	0.2313	0.1077	0.2286	0.3573	-0.009	0.0151	0.4793	-0.011	0.3828	31.076	25.7029	2.9648
9	3.1376	-0.163	2.7797	2.0035	-1.2679	3.5714	-0.319	0.1065	0.3999	0.3633	-0.1387	-0.049	-0.4962	0.087	0.4887	0.4095	-0.0363	0.0371	0.3451	-0.0157	0.3576	36.3268	23.2067	11.0725
10	7.3999	-0.8075	2.8357	7.2566	0.8407	3.4639	-0.0311	0.0086	0.3995	0.1978	-0.3063	0.5193	-0.3327	-0.2045	0.3157	0.4187	-0.0261	0.0585	0.3134	-0.0287	0.2729	41.1062	8.9166	20.9859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 194 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 195 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 421 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 422 through 527 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 528 through 554 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 84 through 238 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 270 through 383 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 384 through 428 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 270分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 270分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 270分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)