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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gxx | ||||||
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タイトル | Solution structure of lysozyme at low and high pressure | ||||||
要素 | LYSOZYME C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SACCHARIDE DEGRADATION / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / ALLERGEN (アレルゲン) / EGG-WHITE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / CHEMICAL SHIFT REFINEMENT | ||||||
Model type details | MINIMIZED AVERAGE | ||||||
データ登録者 | Refaee, M. / Akasaka, K. / Williamson, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Pressure-Dependent Changes in the Solution Structure of Hen Egg-White Lysozyme 著者: Refaee, M. / Tezuka, T. / Akasaka, K. / Williamson, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gxx.cif.gz | 53 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gxx.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/1gxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/1gxx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 器官: EGG-WHITE / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: MEAN STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY ENERGY REFINEMENT OF THE 2LYM CRYSTAL STRUCTURE INCORPORATING CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS, FOR COMPARISON WITH THE LOW-PRESSURE STRUCTURE |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 2.0 / 圧: 2000 atm / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: CHEMICAL SHIFT REFINEMENT / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT USED FULL FORCEFIELD, RESTRAINING 1H CHEMICAL SHIFT CHANGES TO EXPERIMENTALLY OBSERVED DIFFERENCES. | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: ENERGY MINIMISED / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |