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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2blp | ||||||
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タイトル | RNase before unattenuated X-RAY burn | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE PANCREATIC PRECURSOR | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RADIATION DAMAGE / SYNCHROTRON (シンクロトロン) / PHASING (フェイザー (音響機器)) / RIP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Nanao, M.H. / Ravelli, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005 タイトル: Improving radiation-damage substructures for RIP. 著者: Nanao, M.H. / Sheldrick, G.M. / Ravelli, R.B. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2blp.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2blp.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2blp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENDONUCLEASE THAT CATALYZES THE CLEAVAGE OF RNA ON THE 3' SIDE OF PYRIMIDINE NUCLEOTIDES. ACTS ON ...ENDONUCLEA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 30 % PEG 5000 MME,1 M SODIUM CHLORIDE,50 MM PH 4.5 SODIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939255 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939255 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 55873 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.4→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.414 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SIDECHAIN OCCUPANCIES HAVE BEEN REDUCED BECAUSE OF STRONG NEGATIVE PEAKS IN DIFFERENCE FOURIER MAPS IN RESIDUES LYS 1,LYS 31,LYS 37,ASP 38,ARG 39,LYS 91, LYS 104
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45 Å
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拘束条件 |
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