PDB-2blz: RNAse after a high dose X-ray "burn"

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2blz

タイトル

RNAse after a high dose X-ray "burn"

要素

RIBONUCLEASE PANCREATIC

キーワード

HYDROLASE / RADIATION DAMAGE / SYNCHROTRON / PHASING / RIP / ENDONUCLEASE / GLYCOPROTEIN / NUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Nanao, M.H. / Ravelli, R.B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Improving Radiation-Damage Substructures for Rip.
著者: Nanao, M.H. / Sheldrick, G.M. / Ravelli, R.B.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2blz.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2blz.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2blz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2blz_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2blz_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	2blz_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	2blz_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bloC 2blpC 2blqC 2blrC 2bluC 2blvC 2blwC 2blxC 2blyC 2bn1C 2bn3C 1a2w 1a5p 1a5q 1afk 1afl 1afu 1aqp 1b6v 1bel 1bzq 1c0b 1c0c 1c8w 1c9v 1c9x 1cjq 1cjr 1d5d 1d5e 1d5h 1dfj 1dy5 1eic 1eid 1eie 1eos 1eow 1f0v 1fev 1fs3 1gv7 1izp 1izq 1izr 1j7z 1j80 1j81 1j82 1jn4 1js0 1jvt 1jvu 1jvv 1kf2 1kf3 1kf4 1kf5 1kf7 1kf8 1kh8 1lsq 1o0f 1o0h 1o0m 1o0n 1o0o 1qhc 1rar 1ras 1rat 1rbb 1rbc 1rbd 1rbe 1rbf 1rbg 1rbh 1rbi 1rbj 1rbn 1rbw 1rbx 1rca 1rcn 1rha 1rhb 1rnc 1rnd 1rnm 1rnn 1rno 1rnq 1rnu 1rnv 1rnw 1rnx 1rny 1rnz 1rob 1rpf 1rpg 1rph 1rsm 1rta 1rtb 1ruv 1srn 1ssa 1ssb 1ssc 1un5 1w4o 1w4p 1w4q 1wbu 1xps 1xpt 2aas 2rat 2rln 2rns 3rat 3rn3 3rsd 3rsk 3rsp 3srn 4rat 4rsd 4rsk 4srn 5rat 5rsa 6rat 6rsa 7rat 7rsa 8rat 8rsa 9rat 9rsa C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i6f-d 7rat-d 3i67-d 3dic-d 8rat-d 3rat-d 4s18-2 3di8-d 3i7y-d 2e3w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE PANCREATIC

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.132, 64.132, 63.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2121- HOH
2	1	A-2143- HOH

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE PANCREATIC / RNASE 1 / RNASE A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: CATALYZES THE CLEAVAGE OF RNA ON THE 3' SIDE OF PYRIMIDINE NUCLEOTIDES. ACTS ON SINGLE ...FUNCTION: CATALYZES THE CLEAVAGE OF RNA ON THE 3' SIDE OF PYRIMIDINE NUCLEOTIDES. ACTS ON SINGLE STRANDED AND DOUBLE STRANDED RNA
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化	詳細: 30 % PEG 5000 MME, 1 M SODIUM CHLORIDE,50 MM PH 4.5 SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9392
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日 / 詳細: BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9392 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 24403 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.15
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.4→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.671 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SIDECHAIN OCCUPANCIES HAVE BEEN REDUCED BECAUSE OF STRONG NEGATIVE PEAKS IN DIFFERENCE FOURIER MAPS IN RESIDUES LYS 1, LYS 31, LYS 37, ASP ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	1511	5.1 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.151	28376	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	1	143	1095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.925	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.015	3	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.435	25.227	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.032	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.543	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.321	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.519	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.434	1.5	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.04	2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.086	3	407
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.24	4.5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.48 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.267	211
R_work	0.212	4030

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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