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万見
- PDB-1c8w: THR45GLY VARIANT OF RIBONUCLEASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8w
タイトルTHR45GLY VARIANT OF RIBONUCLEASE A
要素PROTEIN (Ribonuclease A)
キーワードHYDROLASE / ANTI-PARALLEL BETA SHEET / RNASE A
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kelemen, B.R. / Sweeney, R.T. / Schultz, L.W. / Raines, R.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Excavating an active site: the nucleobase specificity of ribonuclease A.
著者: Kelemen, B.R. / Schultz, L.W. / Sweeney, R.Y. / Raines, R.T.
履歴
登録1999年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (Ribonuclease A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8305
ポリマ－13,6641
非ポリマー1654
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.32, 64.32, 64.84
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-233-

HOH

21A-245-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (Ribonuclease A)


分子量: 13664.273 Da / 分子数: 1 / 断片: RNASE A / 変異: T45G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium sulfate, sodium chloride, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.050 Msodium acetate1droppH5.6
260 mg/mlprotein1drop
315 %(w/v)ammonium sulfate1drop
425 %(w/v)1dropNaCl
50.10 Msodium acetate1reservoirpH5.6
630 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
750 %(w/v)1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 275 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 18836 / Num. obs: 18761 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0.33 / Observed criterion σ(I): 0.33 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Num. unique all: 18761 / % possible all: 87
反射
*PLUS
Num. measured all: 32164
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
XDSデータ削減
TNT精密化
XDSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0.33 / σ(I): 0.33
Rfactor反射数%反射
Rwork0.176 --
all-19542 -
obs-18761 96 %
溶媒の処理Bsol: 265.25 Å2 / ksol: 0.90215 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数968 0 7 115 1090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01110017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.43135810
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.156160
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0072925
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01214850
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0731850
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.00725
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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