+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1o0o | ||||||
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Title | Ribonuclease A in complex with adenosine-2',5'-diphosphate | ||||||
Components | Ribonuclease pancreatic | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Ribonuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.2 Å | ||||||
Authors | Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M. | ||||||
Citation | Journal: PROTEIN SCI. / Year: 2003 Title: High-resolution crystal structures of ribonuclease A complexed with adenylic and uridylic nucleotide inhibitors. Implications for structure-based design of ribonucleolytic inhibitors Authors: Leonidas, D.D. / Chavali, G.B. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M. / Frankling, C. / Acharya, K.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1o0o.cif.gz | 133.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1o0o.ent.gz | 103.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1o0o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1o0o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1o0o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 1o0o_validation.xml.gz | 20.4 KB | Display | |
Data in CIF | 1o0o_validation.cif.gz | 30.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o0o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1o0fC 1o0hC 1o0mC 1o0nC 1afuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13708.326 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.67 Å3/Da / Density % sol: 25.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 20mM Sodium citrate Buffer, 20% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 16 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Leonidas, D.D., (1997) Biochemistry, 36, 5578. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 5.2R / Wavelength: 1.00061 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 21, 2000 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: YALE MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00061 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→30 Å / Num. all: 67242 / Num. obs: 67242 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0.01 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 30.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.22 Å / Redundancy: 2.8 % / Num. unique all: 2545 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 71.2 |
Reflection | *PLUS % possible obs: 92.9 % / Num. measured all: 949552 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.2 Å / % possible obs: 71.2 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 1AFU Resolution: 1.2→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.953 / SU ML: 0.046 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.056 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.68 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.2→29.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.204→1.236 Å / Total num. of bins used: 20
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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