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- PDB-1rny: RIBONUCLEASE A CRYSTALLIZED FROM 3M CESIUM CHLORIDE, 30% AMMONIUM... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1rny | ||||||
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Title | RIBONUCLEASE A CRYSTALLIZED FROM 3M CESIUM CHLORIDE, 30% AMMONIUM SULFATE | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE A | ||||||
![]() | HYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER) / HYDROLASE / RIBONUCLEASE / PHOSPHORIC DIESTER | ||||||
Function / homology | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Joseph-Mccarthy, D. / Fedorov, L. / Sirakova, D. / Graf, I. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Ionic interactions in crystalline bovine pancreatic ribonuclease A. Authors: Fedorov, A.A. / Joseph-McCarthy, D. / Fedorov, E. / Sirakova, D. / Graf, I. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 38.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 25.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 360.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 361.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13708.326 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-CS / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | CS 200 HAS OCCUPANCY 0.33 | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | pH: 5.5 Details: CRYSTALLIZED FROM 80% AMMONIUM SULFATE (PDB ENTRY 1RNO), pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 290 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: SIEMENS-NICOLET X100 / Detector: AREA DETECTOR / Date: 1993 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE(002) / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→8.2 Å / Num. obs: 9388 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 2.34 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 21.91 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: RIBONUCLEASE A Resolution: 2→8 Å / σ(F): 2
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Displacement parameters | Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→8 Å
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Refine LS restraints |
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: PROFFT / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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