PDB-2oqf: Structure of a synthetic, non-natural analogue of RNase A: [N71K(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oqf

タイトル

Structure of a synthetic, non-natural analogue of RNase A: [N71K(Ade), D83A]RNase A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / non-natural amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Boerema, D.J. / Tereshko, V.A. / Zhang, J.L. / He, C. / Kent, S.B.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Design, Synthesis, and Characterization of Non-natural RNase A Analogues with Enhanced Second-step Catalytic Activity
著者: Boerema, D.J. / Tereshko, V.A. / Zhang, J.L. / He, C. / Kent, S.B.H.

履歴

登録	2007年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oqf.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oqf.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nuiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1c9v-d 6xhe-2 3eux-1 6eto-d 6xhe-1 2w5k-1 5rat-d 3dh5-d 2w5k-2 1rny-d 1rhb-d 3rat-d 1o0o-2 1c9x-d 1eie-d 2rat-d 1fs3-d 2w5m-1 1kf5-d 2w5l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

C: Ribonuclease pancreatic

D: Ribonuclease pancreatic

55.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.578, 50.534, 62.863
Angle α, β, γ (deg.)	85.26, 74.31, 82.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	A
4	1	C
1	2	B
2	2	D
3	2	B
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	CYS	CYS	A	A	1 - 65	1 - 65
2	1	1	LYS	LYS	CYS	CYS	C	C	1 - 65	1 - 65
3	2	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	75 - 122	75 - 122
4	2	1	SER	SER	ALA	ALA	C	C	75 - 122	75 - 122
1	1	2	LYS	LYS	CYS	CYS	B	B	1 - 65	1 - 65
2	1	2	LYS	LYS	CYS	CYS	D	D	1 - 65	1 - 65
3	2	2	SER	SER	ALA	ALA	B	B	75 - 122	75 - 122
4	2	2	SER	SER	ALA	ALA	D	D	75 - 122	75 - 122

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13796.482 Da / 分子数: 4 / 変異: N71K(Ade), D83A / 由来タイプ: 合成詳細: Combined solid phase peptide synthesis and native chemical ligation chemistries. 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97985
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19122

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2NUI

2nui

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 27.699 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.901 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2912	1958	10.3 %	RANDOM
R_work	0.22927	-	-	-
obs	0.23555	17142	97.56 %	-
all	-	19122	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0.02 Å²	1.34 Å²
2-	-	-1.78 Å²	1.1 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3818	0	0	91	3909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.214	1.901	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.752	2.14	7670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.058	5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.479	24.941	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.99	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.674	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.096	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.146	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.328	1.5	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.045	1.5	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.381	2	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.595	3	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.907	4.5	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 1598 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.22	0.5
2	B	medium positional	0.18	0.5
1	A	medium thermal	0.17	2
2	B	medium thermal	0.16	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	133	-
R_work	0.293	1195	-
obs	-	-	92.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2632	-0.869	-0.9231	2.2807	0.9	1.1805	-0.0546	-0.0216	-0.033	0.0064	0.0636	-0.0453	0.0944	0.0109	-0.0089	-0.1065	-0.0112	-0.0259	-0.0726	0.009	-0.1067	-9.0636	-18.613	22.6238
2	2.3925	-1.1039	-0.5512	2.5328	0.2995	1.6945	-0.1189	0.0973	-0.0429	0.0677	0.085	0.1068	0.0558	-0.1067	0.0339	-0.0898	-0.039	-0.0415	-0.041	0.0261	-0.0736	-1.2056	-4.949	7.7585
3	0.6117	0.0237	0.7364	2.4374	-1.9269	3.5222	0.0161	0.0057	0.0454	-0.0368	0.0602	0.0117	-0.1628	-0.0878	-0.0764	-0.082	-0.0091	0.0178	-0.0582	-0.0254	-0.0383	4.1722	18.8643	-8.614
4	1.7237	-0.4577	0.4592	2.9032	-1.1562	3.2782	0.0226	-0.0178	0.0241	0.2856	0.0194	-0.0243	-0.0419	0.1173	-0.042	-0.0649	-0.0046	0.0184	-0.0579	-0.0315	-0.0515	6.5542	3.5674	-23.9983

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 124	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E	125 - 144	1 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 124	1 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	F	125 - 154	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 124	1 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	G	125 - 144	1 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 121	1 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	H	125 - 145	1 - 21

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)