PDB-2nui: X-ray Structure of synthetic [D83A]RNase A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nui

タイトル

X-ray Structure of synthetic [D83A]RNase A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / synthetic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Boerema, D.J. / Tereshko, V.A. / Kent, S.B.H.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2008
タイトル: Total synthesis by modern chemical ligation methods and high resolution (1.1 A) X-ray structure of ribonuclease A
著者: Boerema, D.J. / Tereshko, V.A. / Kent, S.B.

履歴

登録	2006年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nui.cif.gz	58 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nui.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e3wC 1izpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e3w-d 3mzq-d 5obd-2 3rat-d 8rat-d 3di8-d 9rat-d 5d6u-d 4ao1-d 5jml-1 4zz4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.590, 63.590, 63.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13664.316 Da / 分子数: 1 / 変異: D83A / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesized using a combination of Boc 'in situ neutralization' solid phase peptide synthesis and native chemical ligation. 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.89 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 1.0 M ammonium sulfate, 1.5 M NaCl, pH 5.89, Drop 1:1 well:protein solution in H2O, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→20 Å / Num. obs: 59512

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1IZP

1izp

解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 0.6 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19319	2998	5 %	RANDOM
R_work	0.17693	-	-	-
obs	0.17773	56514	98.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	974	0	17	155	1146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.935	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.375	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.234	24.667	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.098	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.319	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	1.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.146	2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.377	3	399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.101	4.5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.422	3	727
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.058	3	696

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	213	-
R_work	0.276	3751	-
obs	-	-	89.58 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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