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- PDB-3i6j: Ribonuclease A by Classical hanging drop method after high X-Ray ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6j
タイトルRibonuclease A by Classical hanging drop method after high X-Ray dose on ESRF ID14-2 beamline
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease A / Disulfide bond / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Pechkova, E. / Tripathi, S.K. / Ravelli, R. / McSweeney, S. / Nicolini, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Atomic structure and radiation resistance of langmuir-blodgett protein crystals
著者: Pechkova, E. / McSweeney, S. / Nicolini, C.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7442
ポリマ－13,7081
非ポリマー351
水3,153175
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子

A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4884
ポリマ－27,4172
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.362, 64.362, 63.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-286-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.75M ammonium sulphate, 2.0M Sodium Chloride, 100mM Na-acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月14日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→55.739 Å / Num. obs: 37998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. measured all: 28846 / Num. unique all: 5472 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BLP

2blp


解像度: 1.3→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 1.743 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / SU Rfree: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1881 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21 37692 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.19 Å2 / Biso mean: 15.974 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 1 175 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.9251321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4115125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05225.22744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.67915169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.69154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.3417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.5680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3792634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15131010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4682374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0853310
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 138 -
Rwork0.408 2418 -
all-2556 -
obs--92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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