PDB-2yo2: Salmonella enterica SadA 255-358 fused to GCN4 adaptors (SadAK12)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yo2

タイトル

Salmonella enterica SadA 255-358 fused to GCN4 adaptors (SadAK12)

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / FGG DOMAIN / DALL DOMAIN / DALL2 / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA / CHIMERA

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Complete Fiber Structures of Complex Trimeric Autotransporter Adhesins Conserved in Enterobacteria.
著者: Hartmann, M.D. / Grin, I. / Dunin-Horkawicz, S. / Deiss, S. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2012年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月17日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yo2.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yo2.ent.gz	61.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yo2_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yo2_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	2yo2_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	2yo2_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ynyC 2ynzC 2yo0C 2yo1C 2yo3C 1gcmS 1ce9 1dgc 1fav 1fmh 1gcl 1gk6 1gzl 1ihq 1ij0 1ij1 1ij2 1ij3 1kql 1ld4 1llm 1nkn 1piq 1rb4 1rb5 1rb6 1swi 1tmz 1unt 1unu 1unv 1unw 1unx 1uny 1unz 1uo0 1uo1 1uo2 1uo3 1uo4 1uo5 1w5g 1w5h 1w5i 1w5j 1w5k 1w5l 1ysa 1zii 1zij 1zik 1zil 1zim 1zta 2b1f 2b22 2bni 2cce 2ccf 2ccn 2d3e 2dgc 2wg5 2wg6 2wpq 2wpr 2wps 2wpy 2wpz 2wq0 2wq1 2wq2 2wq3 2zta 3k7z S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g67-d 3g6b-d 5j1i-2 1f02-1 3pqh-d 6t6q-d 1y2o-d 4hjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.630, 48.630, 366.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2058- HOH
2	1	A-2097- HOH

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN 分子量: 18397.605 Da / 分子数: 1 断片: RESIDUES 255-358 FUSED TO GCN4 ADAPTORS AT EITHER END, RESIDUES 250-278 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q8ZL64
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	C-TERMINAL HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 500 MM AMMONIUM TARTRATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.3 Å / Num. obs: 18662 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 6.01 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCM

1gcm

解像度: 2→38.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 8.515 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28374	945	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24202	-	-	-
obs	0.24413	17714	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6 Å²	0.8 Å²	0 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1161	0	0	101	1262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.955	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.663	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.287	26.304	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.617	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.514	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.137	6	804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.146	6	334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.903	9	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.796	12	401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.306	18	353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	67	-
R_work	0.327	1239	-
obs	-	-	98.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3341	-0.6706	2.1628	1.8238	-6.0684	22.5861	-0.0125	0.0031	-0.049	-0.4253	-0.7727	-0.0803	2.9309	1.9389	0.7852	1.5541	0.1795	0.2029	1.2758	0.0887	0.3073	-21.0122	8.8908	68.7699
2	2.9517	-0.0288	1.7756	2.7118	-0.8946	9.1409	-0.0384	-0.4008	0.1902	0.4406	-0.0753	-0.2486	-0.2902	0.4854	0.1137	0.0943	-0.0188	-0.032	0.1257	-0.0384	0.1099	-19.2013	18.4946	31.3088
3	0.6247	-0.0071	-0.1271	1.54	0.3768	3.7669	-0.0906	-0.0817	-0.0304	0.1348	0.0069	0.0957	0.1277	-0.215	0.0838	0.0495	0.009	0.0024	0.0723	0.004	0.1182	-26.772	14.1317	-14.2389
4	4.705	0.4606	12.4146	2.1664	0.6251	55.015	-0.4994	1.4289	0.1775	-1.1297	0.0439	0.1942	-1.4712	0.7126	0.4555	0.6953	-0.0344	-0.0797	0.8741	0.075	0.2458	-23.9025	20.177	-51.5151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	256 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	306 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	356 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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