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- PDB-1ysa: THE GCN4 BASIC REGION LEUCINE ZIPPER BINDS DNA AS A DIMER OF UNIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ysa
タイトルTHE GCN4 BASIC REGION LEUCINE ZIPPER BINDS DNA AS A DIMER OF UNINTERRUPTED ALPHA HELICES: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN-DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*A P*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*A P*GP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (GCN4)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Classic Zinc Finger / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ellenberger, T.E. / Brandl, C.J. / Struhl, K. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The GCN4 basic region leucine zipper binds DNA as a dimer of uninterrupted alpha helices: crystal structure of the protein-DNA complex.
著者: Ellenberger, T.E. / Brandl, C.J. / Struhl, K. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: X-Ray Structure of the GCN4 Leucine Zipper, a Two-Stranded, Parallel Coiled Coil
著者: O'Shea, E.K. / Klemm, J.D. / Kim, P.S. / Alber, T.
履歴
登録1993年8月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*A P*GP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*A P*GP*GP*A)-3')
C: PROTEIN (GCN4)
D: PROTEIN (GCN4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0504
ポリマ－26,0504
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.130, 88.540, 59.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: TWO ADENINES, B 22 AND B 23, ARE NEAR THE 5-PRIME END OF DNA CHAIN B AND ARE LOOPED OUT OF THE DNA HELIX. THIS CONFORMATION IS PRESENT IN CRYSTALS THAT WERE SOAKED IN 35% (VOL/VOL) POLYETHYLENE ...1: TWO ADENINES, B 22 AND B 23, ARE NEAR THE 5-PRIME END OF DNA CHAIN B AND ARE LOOPED OUT OF THE DNA HELIX. THIS CONFORMATION IS PRESENT IN CRYSTALS THAT WERE SOAKED IN 35% (VOL/VOL) POLYETHYLENE GLYCOL MW 400, FOLLOWED BY RAPID FREEZING AND X-RAY DATA COLLECTION AT -155 DEGREES CENTIGRADE.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*A P*GP*TP*T)-3')


分子量: 6034.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*A P*GP*GP*A)-3')


分子量: 6231.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (GCN4)


分子量: 6892.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K TWO ADENINES, B22 AND B23, WHICH ARE NEAR THE 5-PRIME END OF DNA CHAIN B ARE LOOPED OUT OF THE DNA HELIX. THIS CONFORMATION IS ...詳細: pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K TWO ADENINES, B22 AND B23, WHICH ARE NEAR THE 5-PRIME END OF DNA CHAIN B ARE LOOPED OUT OF THE DNA HELIX. THIS CONFORMATION IS PRESENT IN CRYSTALS THAT WERE SOAKED IN 35% (VOL/VOL) POLYETHYLENE GLYCOL MW 400, FOLLOWED BY RAPID FREEZING AND X-RAY DATA COLLECTION AT -155 DEG. CENTIGRADE.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3NACL11
4MGCL211
5MES11
6SPERMINE_HCL11
7WATER12
8PEG 40012
9WATER13
10PEG 40013
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: well solution contains twice the concentrations of salts and PEG400
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.95 mMpGCNK58 monomer1drop
20.57 mMDNA1drop
30.15 M1dropNaCl
40.03 M1dropMgCl2
50.025 M1drop
61 mMspermine-HCL1drop
712 %(v/v)PEG4001drop
81
91
101

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データ収集

回折平均測定温度: 118 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→8 Å / Num. obs: 5289 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Observed criterion σ(F): 1.5 / Num. measured all: 21237 / Rmerge(I) obs: 0.099

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
obs0.23 5289
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数941 814 0 17 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 5289 / Rfactor obs: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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