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- PDB-1jnm: Crystal Structure of the Jun/CRE Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jnm
タイトルCrystal Structure of the Jun/CRE Complex
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
  • PROTO-ONCOGENE C-JUN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / bZIP / Protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor AP-1 complex / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transforming growth factor beta1 production / integrated stress response signaling / negative regulation of DNA binding / release from viral latency / SMAD protein signal transduction / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / host-mediated activation of viral transcription ...transcription factor AP-1 complex / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transforming growth factor beta1 production / integrated stress response signaling / negative regulation of DNA binding / release from viral latency / SMAD protein signal transduction / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / host-mediated activation of viral transcription / response to steroid hormone / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Activation of the AP-1 family of transcription factors / nuclear chromosome / transcription repressor complex / R-SMAD binding / ubiquitin-like protein ligase binding / host-mediated suppression of viral transcription / general transcription initiation factor binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to endoplasmic reticulum stress / Regulation of PTEN gene transcription / GTPase activator activity / FCERI mediated MAPK activation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / euchromatin / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cell population proliferation / Regulation of PD-L1(CD274) transcription / transcription regulator complex / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor Jun
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, Y. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Jun bZIP homodimer complexed with CRE
著者: Kim, Y. / Podust, L.M.
履歴
登録2001年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
A: PROTO-ONCOGENE C-JUN
B: PROTO-ONCOGENE C-JUN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9134
ポリマ－26,9134
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.719, 78.213, 57.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the bZIP dimer/DNA complex which is in the asymmetric unit.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 6134.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#2: タンパク質 PROTO-ONCOGENE C-JUN / TRANSCRIPTION FACTOR AP-1


分子量: 7321.695 Da / 分子数: 2 / Fragment: bZIP domain / Mutation: C269S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P05412
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Cacodylate, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Cacodylate11
3NaCl11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月16日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 16421 / Num. obs: 16421 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1231 / % possible all: 71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK& Denzoデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
d*TREKデータ削減
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 315242 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1416 10.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.25 15659 --
obs0.228 14015 81.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8976 Å2 / ksol: 0.322965 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17 Å20 Å21.55 Å2
2---9.67 Å20 Å2
3----7.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数923 814 0 220 1957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 158 10.7 %
Rwork0.317 1315 -
obs--52.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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