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万見
- PDB-3g67: Crystal Structure of a Soluble Chemoreceptor from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g67
タイトルCrystal Structure of a Soluble Chemoreceptor from Thermotoga maritima
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Four-helix bundle / methyl-accepting chemotaxis protein
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Pollard, A.M. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The structure of a soluble chemoreceptor suggests a mechanism for propagating conformational signals.
著者: Pollard, A.M. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2692
ポリマ－48,2692
非ポリマー00
水11,764653
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.712, 25.747, 119.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 24134.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: Tm0014, TM_0014 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7DFA3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.48
シンクロトロンCHESS F220.9479
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.481
20.94791
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. all: 70197 / Num. obs: 24221 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.22 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2198 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.17→50 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.278 -
Rwork0.242 -
all-22985
obs-22562
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 0 653 4019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.973
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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